Physic nut (Jatropha curcas L.), a small oleaginous tree spontaneously occurring in arid and semi-arid tropical regions, is a sustainable and renewable energy source for biodiesel. However, the J. curcas yield in such areas should consider soil salinity and its consequences. Transcription factor (TF) proteins recognize cis-regulatory elements in promoters of genes to be expressed. In the present work, differentially expressed genes (DEGs) encoding putative TFs from physic nut plants responding to NaCl (150 mM), after 3 h of exposition, covered 23 TF families. The expressed profiles of members from AP2/ERF and NAC families basically showed induction after the salt stimulus, while members of bHLH, FHY3-FAR1, and ARF families presented repression. Concerning the induced TF DEGs, the gene ontology (GO) enrichment analysis highlighted terms related to abiotic stress responses, while those terms representing the repressed TF DEGs stood out the basal metabolism. In turn, the TF enrichment analysis predicted those TFs targeting promoters of induced TF DEGs. Some of the enriched TFs may be good candidates as transgenes in transgenic events. Also, RT-qPCR analyses validated the up-regulation of six TF DEGs (RAV1, ERF9, ZAT12, PTI5, MYB340, and BZIP4) of eight candidates selected from the expressed TFome. The generated data could help breeders to better understand the molecular basis of physic nut plants responding to salinity, to select potential candidates for transgenic studies, as well as to develop functional molecular markers to assist selection steps in breeding programs.

中文翻译：

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盐刺激后物理坚果（Jatropha curcas L.）的首次表达TFome

物理坚果 (Jatropha curcas L.) 是一种自发生长在干旱和半干旱热带地区的小产油树，是生物柴油的可持续和可再生能源。然而，这些地区的麻疯树产量应考虑土壤盐分及其后果。转录因子 (TF) 蛋白识别待表达基因启动子中的顺式调控元件。在目前的工作中，在暴露 3 小时后，编码来自对 NaCl (150 mM) 有反应的物理坚果植物的推定 TF 的差异表达基因 (DEG) 覆盖了 23 个 TF 家族。AP2/ERF和NAC家族成员的表达谱在盐刺激后基本呈现诱导，而bHLH、FHY3-FAR1和ARF家族成员则呈现抑制。关于诱导的 TF DEG，基因本体 (GO) 富集分析突出了与非生物胁迫反应相关的术语，而那些代表受抑制的 TF DEG 的术语则突出了基础代谢。反过来，TF 富集分析预测了那些靶向诱导 TF DEG 启动子的 TF。一些富集的 TFs 可能是转基因事件中转基因的良好候选者。此外，RT-qPCR 分析验证了从表达的 TFome 中选出的 8 个候选者的 6 个 TF DEG（RAV1、ERF9、ZAT12、PTI5、MYB340 和 BZIP4）的上调。生成的数据可以帮助育种者更好地了解物理坚果植物对盐度的反应的分子基础，选择转基因研究的潜在候选物，以及开发功能分子标记以协助育种计划中的选择步骤。而那些代表被抑制的 TF DEG 的术语则突出了基础代谢。反过来，TF 富集分析预测了那些靶向诱导 TF DEG 启动子的 TF。一些富集的 TFs 可能是转基因事件中转基因的良好候选者。此外，RT-qPCR 分析验证了从表达的 TFome 中选出的 8 个候选者的 6 个 TF DEG（RAV1、ERF9、ZAT12、PTI5、MYB340 和 BZIP4）的上调。生成的数据可以帮助育种者更好地了解物理坚果植物对盐度的反应的分子基础，选择转基因研究的潜在候选物，以及开发功能分子标记以协助育种计划中的选择步骤。而那些代表被抑制的 TF DEG 的术语则突出了基础代谢。反过来，TF 富集分析预测了那些靶向诱导 TF DEG 启动子的 TF。一些富集的 TFs 可能是转基因事件中转基因的良好候选者。此外，RT-qPCR 分析验证了从表达的 TFome 中选出的 8 个候选者的 6 个 TF DEG（RAV1、ERF9、ZAT12、PTI5、MYB340 和 BZIP4）的上调。生成的数据可以帮助育种者更好地了解物理坚果植物对盐度的反应的分子基础，选择转基因研究的潜在候选物，以及开发功能分子标记以协助育种计划中的选择步骤。TF 富集分析预测了那些靶向诱导 TF DEG 启动子的 TF。一些富集的 TFs 可能是转基因事件中转基因的良好候选者。此外，RT-qPCR 分析验证了从表达的 TFome 中选出的 8 个候选者的 6 个 TF DEG（RAV1、ERF9、ZAT12、PTI5、MYB340 和 BZIP4）的上调。生成的数据可以帮助育种者更好地了解物理坚果植物对盐度的反应的分子基础，选择转基因研究的潜在候选物，以及开发功能分子标记以协助育种计划中的选择步骤。TF 富集分析预测了那些靶向诱导 TF DEG 启动子的 TF。一些富集的 TFs 可能是转基因事件中转基因的良好候选者。此外，RT-qPCR 分析验证了从表达的 TFome 中选出的 8 个候选者的 6 个 TF DEG（RAV1、ERF9、ZAT12、PTI5、MYB340 和 BZIP4）的上调。生成的数据可以帮助育种者更好地了解物理坚果植物对盐度的反应的分子基础，选择转基因研究的潜在候选物，以及开发功能分子标记以协助育种计划中的选择步骤。和 BZIP4) 从表达的 TFome 中选出的八个候选者。生成的数据可以帮助育种者更好地了解物理坚果植物对盐度的反应的分子基础，选择转基因研究的潜在候选物，以及开发功能分子标记以协助育种计划中的选择步骤。和 BZIP4) 从表达的 TFome 中选出的八个候选者。生成的数据可以帮助育种者更好地了解物理坚果植物对盐度的反应的分子基础，选择转基因研究的潜在候选物，以及开发功能分子标记以协助育种计划中的选择步骤。