Vascular Endothelial Growth Factor-A (VEGFA) signaling is crucial to the cellular processes involved in angiogenesis. Previously, we assembled a network of molecular reactions induced by VEGFA in human umbilical vein endothelial cell populations. Considering transcriptome as a read-out of the transcriptional and epigenomic regulatory network, we now present an analysis of VEGFA-induced temporal transcriptome datasets from 6 non-synchronized studies. From these datasets, applying a confidence criterion, a set of early VEGFA-responsive signature genes were derived and evaluated for their co-expression potential with respect to multiple cancer gene expression datasets. Further, inclusive of a set of ligand-receptor pairs, a list of ligand and receptor signaling systems that potentially fine-tune the endothelial cell functions subsequent to VEGFA signaling were also derived. We believe that a number of these signaling systems would concurrently and/or hierarchically fine-tune the signaling network of endothelial cell populations towards the processes associated with angiogenesis through autocrine, paracrine, juxtacrine, and matricrine modes. By further analysis of published literature on VEGFA signaling, we also present an improved update-version of our previous VEGFA signaling network model in endothelial cells as a platform for analysis of cross-talk with these signaling systems.

中文翻译：

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HUVEC中的时间性VEGFA反应基因：基因特征和潜在配体/受体微调血管生成

血管内皮生长因子-A (VEGFA) 信号传导对参与血管生成的细胞过程至关重要。以前，我们在人脐静脉内皮细胞群中组装了一个由 VEGFA 诱导的分子反应网络。将转录组视为转录和表观基因组调控网络的读数，我们现在对来自 6 个非同步研究的 VEGFA 诱导的时间转录组数据集进行分析。从这些数据集中，应用置信度标准，衍生出一组早期 VEGFA 响应特征基因，并评估它们在多个癌症基因表达数据集上的共表达潜力。此外，包括一组配体-受体对，还得出了一系列配体和受体信号系统，这些系统可能在 VEGFA 信号传导后微调内皮细胞功能。我们相信，这些信号系统中的许多将同时和/或分层微调内皮细胞群的信号网络，使其通过自分泌、旁分泌、并列分泌和母系模式实现与血管生成相关的过程。通过进一步分析已发表的关于 VEGFA 信号传导的文献，我们还提出了我们以前在内皮细胞中的 VEGFA 信号传导网络模型的改进更新版本，作为分析与这些信号传导系统的串扰的平台。我们相信，这些信号系统中的许多将同时和/或分层微调内皮细胞群的信号网络，通过自分泌、旁分泌、并列分泌和母系模式向与血管生成相关的过程进行微调。通过进一步分析已发表的关于 VEGFA 信号传导的文献，我们还提出了我们以前在内皮细胞中的 VEGFA 信号传导网络模型的改进更新版本，作为分析与这些信号传导系统的串扰的平台。我们相信，这些信号系统中的许多将同时和/或分层微调内皮细胞群的信号网络，使其通过自分泌、旁分泌、并列分泌和母系模式实现与血管生成相关的过程。通过进一步分析已发表的关于 VEGFA 信号传导的文献，我们还提出了我们以前在内皮细胞中的 VEGFA 信号传导网络模型的改进更新版本，作为分析与这些信号传导系统的串扰的平台。