Vendor-independent software tools for quantification of small molecules and metabolites are lacking, especially for targeted analysis workflows. Skyline is a freely available, open-source software tool for targeted quantitative mass spectrometry method development and data processing with a ten-year history supporting 6 major instrument vendors. Designed initially for proteomic analysis, we describe the expansion of Skyline to data for small molecule analysis, including selected reaction monitoring (SRM), high-resolution mass spectrometry (HRMS), and calibrated quantification. This fundamental expansion of Skyline from a peptide-sequence centric tool to a molecule-centric tool makes it agnostic to the source of the molecule while retaining Skyline features critical for workflows in both peptide and more general biomolecular research. The data visualization and interrogation features already available in Skyline - such as peak picking, chromatographic alignment, and transition selection - have been adapted to support small molecule data, including metabolomics. Herein, we explain the conceptual workflow for small molecule analysis using Skyline, demonstrate Skyline performance benchmarked against a comparable instrument vendor software tool, and present additional real-world applications. Further, we include step-by-step instructions on using Skyline for small molecule quantitative method development and data analysis on data acquired with a variety of mass spectrometers from multiple instrument vendors.

中文翻译：

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小分子天际线：定量代谢组学的统一软件包。

缺少用于小分子和代谢物定量的独立于供应商的软件工具，尤其是针对目标分析工作流的软件工具。Skyline是一种免费的开源软件工具，用于目标定量质谱方法开发和数据处理，已有十年的历史，可为6家主要仪器供应商提供支持。最初设计用于蛋白质组学分析，我们描述了将Skyline扩展到用于小分子分析的数据，包括选定的反应监测（SRM），高分辨率质谱（HRMS）和校准的定量分析。Skyline从以肽序列为中心的工具到以分子为中心的工具的这种根本扩展，使其与分子来源无关，同时保留了Skyline对肽和更常规的生物分子研究中的工作流程至关重要的功能。Skyline中已经提供的数据可视化和询问功能（例如峰选择，色谱比对和过渡选择）已进行了调整，以支持包括代谢组学在内的小分子数据。在此，我们解释了使用Skyline进行小分子分析的概念性工作流程，展示了以同类仪器供应商软件工具为基准的Skyline性能，并展示了其他实际应用。此外，我们还提供了有关使用Skyline进行小分子定量方法开发以及使用多种质谱仪从多家仪器供应商处获取的数据进行数据分析的分步说明。和过渡选择-已经过调整以支持小分子数据，包括代谢组学。在此，我们解释了使用Skyline进行小分子分析的概念性工作流程，展示了以同类仪器供应商的软件工具为基准的Skyline性能，并展示了其他实际应用。此外，我们还提供了有关使用Skyline进行小分子定量方法开发以及使用多种质谱仪从多家仪器供应商处获取的数据进行数据分析的分步说明。和过渡选择-已经过调整以支持小分子数据，包括代谢组学。在此，我们解释了使用Skyline进行小分子分析的概念性工作流程，展示了以同类仪器供应商软件工具为基准的Skyline性能，并展示了其他实际应用。此外，我们还提供了有关使用Skyline进行小分子定量方法开发以及使用多种质谱仪从多家仪器供应商处获取的数据进行数据分析的分步说明。