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Heterogeneity in the distribution of 159 drug-response related SNPs in world populations and their genetic relatedness.
PLOS ONE ( IF 3.7 ) Pub Date : 2020-01-23 , DOI: 10.1371/journal.pone.0228000
Tamim Ahsan 1 , Nusrat Jahan Urmi 2 , Abu Ashfaqur Sajib 3
Affiliation  

Interethnic variability in drug response arises from genetic differences associated with drug metabolism, action and transport. These genetic variations can affect drug efficacy as well as cause adverse drug reactions (ADRs). We retrieved drug-response related single nucleotide polymorphism (SNP) associated data from databases and analyzed to elucidate population specific distribution of 159 drug-response related SNPs in twenty six populations belonging to five super-populations (African, Admixed Americans, East Asian, European and South Asian). Significant interpopulation differences exist in the minor (variant) allele frequencies (MAFs), linkage disequilibrium (LD) and haplotype distributions among these populations. 65 of the drug-response related alleles, which are considered as minor (variant) in global population, are present as the major alleles (frequency ≥0.5) in at least one or more populations. Populations that belong to the same super-population have similar distribution pattern for majority of the variant alleles. These drug response related variant allele frequencies and their pairwise LD measure (r2) can clearly distinguish the populations in a way that correspond to the known evolutionary history of human and current geographic distributions, while D' cannot. The data presented here may aid in identifying drugs that are more appropriate and/or require pharmacogenetic testing in these populations. Our findings emphasize on the importance of distinct, ethnicity-specific clinical guidelines, especially for the African populations, to avoid ADRs and ensure effective drug treatment.

中文翻译:

世界人口中159种与药物反应相关的SNP分布的异质性及其遗传相关性。

药物反应的种族间差异是由与药物代谢,作用和转运相关的遗传差异引起的。这些遗传变异会影响药物疗效并引起药物不良反应(ADR)。我们从数据库中检索了与药物反应相关的单核苷酸多态性(SNP)相关数据,并进行了分析以阐明159个与药物反应相关的SNP在特定人群中的分布情况,这些特定SNP在五个超级人群(非洲,美国混血,东亚,欧洲,非洲和非洲的五个超级人群)的26个人群中和南亚)。这些人群之间的次要(变异)等位基因频率(MAF),连锁不平衡(LD)和单倍型分布存在显着的种群间差异。与药物反应相关的等位基因中有65个在全球人口中被认为是次要(变异),在至少一个或多个人群中作为主要等位基因(频率≥0.5)存在。对于大多数变异等位基因而言,属于同一超级种群的种群具有相似的分布模式。这些与药物反应相关的变异等位基因频率及其成对的LD测量值(r2)可以以与人类和当前地理分布的已知进化史相对应的方式清楚地区分群体,而D'则不能。此处提供的数据可能有助于识别这些人群中更合适和/或需要进行药物遗传学测试的药物。我们的研究结果强调了针对种族的独特,特定种族的临床指南的重要性,尤其是对于非洲人群,以避免ADR并确保有效的药物治疗。对于大多数变异等位基因而言,属于同一超级种群的种群具有相似的分布模式。这些与药物反应相关的变异等位基因频率及其成对的LD测量值(r2)可以以与人类和当前地理分布的已知进化史相对应的方式清楚地区分群体,而D'则不能。此处提供的数据可能有助于识别这些人群中更合适和/或需要进行药物遗传学测试的药物。我们的研究结果强调了针对种族的独特,特定种族的临床指南的重要性,尤其是对于非洲人群,以避免ADR并确保有效的药物治疗。对于大多数变异等位基因而言,属于同一超级种群的种群具有相似的分布模式。这些与药物反应相关的变异等位基因频率及其成对的LD测量值(r2)可以以与人类和当前地理分布的已知进化史相对应的方式清楚地区分群体,而D'则不能。此处提供的数据可能有助于识别这些人群中更合适和/或需要进行药物遗传学测试的药物。我们的研究结果强调了针对种族的独特,特定种族的临床指南的重要性,尤其是对于非洲人群,以避免ADR并确保有效的药物治疗。这些与药物反应相关的变异等位基因频率及其成对的LD测量值(r2)可以以与人类和当前地理分布的已知进化史相对应的方式清楚地区分群体,而D'则不能。此处提供的数据可能有助于识别这些人群中更合适和/或需要进行药物遗传学测试的药物。我们的研究结果强调了针对种族的独特,特定种族的临床指南的重要性,尤其是对于非洲人群,以避免ADR并确保有效的药物治疗。这些与药物反应相关的变异等位基因频率及其成对的LD测量值(r2)可以以与人类和当前地理分布的已知进化史相对应的方式清楚地区分群体,而D'则不能。此处提供的数据可能有助于识别这些人群中更合适和/或需要进行药物遗传学测试的药物。我们的研究结果强调了针对种族的独特,特定种族的临床指南的重要性,尤其是对于非洲人群,以避免ADR并确保有效的药物治疗。此处提供的数据可能有助于识别这些人群中更合适和/或需要进行药物遗传学测试的药物。我们的研究结果强调了针对种族的独特,特定种族的临床指南的重要性,尤其是对于非洲人群,以避免ADR并确保有效的药物治疗。此处提供的数据可能有助于识别这些人群中更合适和/或需要进行药物遗传学测试的药物。我们的研究结果强调了针对种族的独特,特定种族的临床指南的重要性,尤其是对于非洲人群,以避免ADR并确保有效的药物治疗。
更新日期:2020-01-24
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