The house sparrow is an important model species for studying physiological, ecological and evolutionary processes in wild populations. Here, we present a medium density, genome wide linkage map for house sparrow (Passer domesticus) that has aided the assembly of the house sparrow reference genome, and that will provide an important resource for ongoing mapping of genes controlling important traits in the ecology and evolution of this species. Using a custom house sparrow 10 K iSelect Illumina SNP chip we have assigned 6,498 SNPs to 29 autosomal linkage groups, based on a mean of 430 informative meioses per SNP. The map was constructed by combining the information from linkage with that of the physical position of SNPs within scaffold sequences in an iterative process. Averaged between the sexes; the linkage map had a total length of 2,004 cM, with a longer map for females (2,240 cM) than males (1,801 cM). Additionally, recombination rates also varied along the chromosomes. Comparison of the linkage map to the reference genomes of zebra finch, collared flycatcher and chicken, showed a chromosome fusion of the two avian chromosomes 8 and 4A in house sparrow. Lastly, information from the linkage map was utilized to conduct analysis of linkage disequilibrium (LD) in eight populations with different effective population sizes (Ne ) in order to quantify the background level LD. Together, these results aid the design of future association studies, facilitate the development of new genomic tools and support the body of research that describes the evolution of the avian genome.

中文翻译：

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麻雀（Passer domesticus）的全基因组连锁图谱提供了有关禽类基因组进化史的见识。

麻雀是研究野生种群的生理，生态和进化过程的重要模式物种。在这里，我们介绍了一种中等密度的全屋麻雀（Passer domesticus）全基因组连锁图谱，该图有助于屋麻雀参考基因组的组装，这将为正在进行的控制生态和重要特征的基因作图提供重要资源。该物种的进化。我们使用定制的麻雀10 K iSelect Illumina SNP芯片，根据每个SNP的430个信息分子平均值，将6498个SNP分配给29个常染色体连锁群。通过在迭代过程中将来自连锁的信息与SNPs在支架序列中的物理位置的信息相结合来构建该图。男女之间的平均值；链接图的总长度为2,004 cM，女性（2,240 cM）的地图比男性（1,801 cM）长。另外，重组率也沿染色体变化。连锁图谱与斑雀雀，领捕蝇器和鸡的参考基因组的比较显示，麻雀中两个禽染色体8和4A的染色体融合。最后，利用连锁图谱中的信息对八个具有不同有效种群大小（Ne）的种群进行连锁不平衡（LD）分析，以量化背景水平LD。总之，这些结果有助于未来关联研究的设计，促进新基因组工具的开发，并支持描述禽类基因组进化的研究机构。重组率也沿染色体变化。连锁图谱与斑雀雀，领捕蝇器和鸡的参考基因组的比较显示，麻雀中两个禽染色体8和4A的染色体融合。最后，利用连锁图谱中的信息对八个具有不同有效种群大小（Ne）的种群进行连锁不平衡（LD）分析，以量化背景水平LD。总之，这些结果有助于未来关联研究的设计，促进新基因组工具的开发并支持描述禽类基因组进化的研究机构。重组率也沿染色体变化。连锁图谱与斑雀雀，领捕蝇器和鸡的参考基因组的比较显示，麻雀中两个禽染色体8和4A的染色体融合。最后，利用连锁图谱中的信息对八个具有不同有效种群大小（Ne）的种群进行连锁不平衡（LD）分析，以量化背景水平LD。总之，这些结果有助于未来关联研究的设计，促进新基因组工具的开发并支持描述禽类基因组进化的研究机构。最后，利用连锁图谱中的信息对八个具有不同有效种群大小（Ne）的种群进行连锁不平衡（LD）分析，以量化背景水平LD。总之，这些结果有助于未来关联研究的设计，促进新基因组工具的开发并支持描述禽类基因组进化的研究机构。最后，利用连锁图谱中的信息对八个具有不同有效种群大小（Ne）的种群进行连锁不平衡（LD）分析，以量化背景水平LD。总之，这些结果有助于未来关联研究的设计，促进新基因组工具的开发并支持描述禽类基因组进化的研究机构。