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[Bioinformatics of next generation sequencing in clinical microbiology diagnosis].
Revista Argentina de Microbiología ( IF 1.9 ) Pub Date : 2019-11-26 , DOI: 10.1016/j.ram.2019.06.003
Marta Hernández 1 , Narciso M Quijada 1 , David Rodríguez-Lázaro 2 , José María Eiros 3
Affiliation  

La aparición de secuenciadores masivos que permiten leer en paralelo de millones a miles de millones de secuencias o fragmentos del ADN (reads) ha revolucionado la microbiología, la cual ha pasado de un ámbito exclusivamente laboratorial a uno computacional, con la aplicación ineludible de la bioinformática. La posibilidad de efectuar estudios de la microbiota, el microbioma y el metagenoma de una muestra clínica de manera rápida y a un coste reducido permite avanzar más rápidamente en el diagnóstico de enfermedades, en el conocimiento de la taxonomía y la epidemiología de los agentes involucrados, así como de su virulencia. También posibilita la realización de estudios de genómica comparada y el descubrimiento de genes o variantes de interés, lo que puede llevar a que enfermedades tradicionalmente consideradas como de carácter no microbiano sean asociadas a la presencia de microrganismos. En esta revisión se aclara la terminología usada en este campo, y se describen las principales tecnologías de secuenciación y su utilidad en el análisis microbiano. Asimismo, se señalan diversos programas de código libre, pipelines de análisis, bases de datos y plataformas web que permiten que la bioinformática se integre exitosamente al ámbito de la microbiología clínica y al estudio de las enfermedades infecciosas.



中文翻译:

新一代测序在临床微生物学诊断中的生物信息学

香格里拉aparición德secuenciadores masivos阙permiten阅读EN paralelo德millones一英里德millones德secuenciasØfragmentos德尔ADN (读取)微生物学革命性实验室,计算性实验室,不可复制的生物信息学概论。微生物微生物学和微生物遗传学的整体效果研究,以及在减少成本的许可下,在埃塞俄比亚省的发展史上,埃塞俄比亚的拉科多尼亚省的代理人维罗伦西亚自治区。哥伦比亚与南美洲的电子工作室之间的关系可能存在变种,互不相关的变体,传统的变奏法,微型钢琴都应以微不足道的形式存在。在美国坎帕大区进行总决赛,这是《微电子钢琴》中描述安全性和安全性的基本原理。Asimismo,seseñalandiversos programas decódigolibre,管道,基础设施,基础设施,基础设施,生物技术信息,生物技术和医疗设施等。

更新日期:2019-11-26
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