In Brazil, non-cultivated plants, especially weeds, are infected with a diversity of begomoviruses and often show striking golden mosaic symptoms. In the present study, leaves showing these symptoms were collected from Sida sp. plants in Guadalupe, Piaui State, Northeastern Brazil, in 2015 and 2016. PCR tests with degenerate primers revealed the presence of begomovirus DNA-A and DNA-B components. Restriction enzyme digestion of rolling circle-amplified DNA revealed fragments totaling ~5.2 kb, indicating infection by a bipartite begomovirus. The DNA-A and DNA-B components have a genome organization typical of New World (NW) bipartite begomoviruses and a common region of 220 nucleotides (nt) with 96% identity, indicating these are cognate components. Comparisons performed with the DNA-A sequence revealed the highest nt sequence identity (84%) with that of sida angular mosaic virus (SiAMV), whereas those performed with the DNA-B sequence revealed highest identity (77%) with that of sida chlorotic vein virus (SiCVV). In phylogenetic analyses, the DNA-A sequence was placed in a strongly supported clade with SiAMV and SiCVV from Piaui, whereas the DNA-B sequence was placed in a clade with SiCVV and corchorus mottle virus. Based on the current ICTV criteria for the demarcation of begomovirus species (<91% nt sequence identity for the DNA-A component), this is a member of a new species for which the name "Sida yellow golden mosaic virus" is proposed.

中文翻译：

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感染Sida sp。的新的两性begomovirus的完整序列。在巴西东北部。

在巴西，未耕种的植物，尤其是杂草，感染了多种begomoviruses，并经常表现出惊人的金色花叶病症状。在本研究中，显示这些症状的叶子是从Sida sp。收集的。于2015年和2016年在巴西东北部Piaui州瓜达卢佩的植物中进行了检测。使用简并引物进行的PCR测试显示，存在begomovirus DNA-A和DNA-B成分。滚环扩增的DNA的限制性内切酶消化显示，片段总数约5.2 kb，表明已被二倍体begomovirus感染。DNA-A和DNA-B成分具有新世界（NW）二倍体Begomovirus病毒的典型基因组组织，共有220个核苷酸（nt），共有96％的同一性，表明它们是同源成分。使用DNA-A序列进行的比较显示与sida角花叶病毒（SiAMV）具有最高的nt序列同一性（84％），而使用DNA-B序列进行的比较显示与sida chlorotic序列具有最高的同一性（77％）。静脉病毒（SiCVV）。在系统发育分析中，将DNA-A序列置于Piaui的SiAMV和SiCVV的强烈支持进化枝中，而将DNA-B序列置于SiCVV和斑驳病毒的进化枝中。根据现行的ICTV中关于牛传染性病毒物种划分的标准（对于DNA-A组分，其<91％nt序列同一性），这是一个新物种的成员，为此提出了名称“ Sida黄金色花叶病毒”。而那些用DNA-B序列进行的实验则显示出与sida褪绿叶静脉病毒（SiCVV）的鉴定率最高（77％）。在系统发育分析中，将DNA-A序列置于Piaui的SiAMV和SiCVV的强烈支持进化枝中，而将DNA-B序列置于SiCVV和斑驳病毒的进化枝中。根据现行的关于分类病毒的物种的ICTV标准（对于DNA-A组分，其<91％nt序列同一性），这是一个新物种的成员，为此提出了“西达黄金花叶病毒”的名称。而那些用DNA-B序列进行的实验则显示出与sida褪绿叶静脉病毒（SiCVV）的鉴定率最高（77％）。在系统发育分析中，将DNA-A序列置于Piaui的SiAMV和SiCVV的强烈支持进化枝中，而将DNA-B序列置于SiCVV和斑驳病毒的进化枝中。根据现行的ICTV中关于牛传染性病毒物种划分的标准（对于DNA-A组分，其<91％nt序列同一性），这是一个新物种的成员，为此提出了名称“ Sida黄金色花叶病毒”。