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GISH-based comparative genomic analysis in Urochloa P. Beauv.
Molecular Biology Reports ( IF 2.8 ) Pub Date : 2019-11-16 , DOI: 10.1007/s11033-019-05179-7
Caio T R Corrêa 1 , Nathalia G Z Bonetti 1 , Sanzio C L Barrios 2 , Cacilda B do Valle 2 , Giovana A Torres 1 , Vânia H Techio 1
Affiliation  

The genus Urochloa P. Beauv. [syn. Brachiaria (Trin.) Griseb.] comprises species of great economic relevance as forages. The genomic constitution for the allotetraploid species Urochloa brizantha (cv. Marandu) and Urochloa decumbens (cv. Basilisk) and the diploid Urochloa ruziziensis was previously proposed as BBB1B1, B1B1B2B2 and B2B2, respectively. Evidence indicates U. ruziziensis as the ancestral donor of genome B2 in U. decumbens allotetraploidy, but the origin of the genomes B and B1 is still unknown. There are diploid genotypes of U. brizantha and U. decumbens that may be potential ancestors of the tetraploids. The aim of this study was to determine the genomic constitution and relationships between genotypes of U. brizantha (2x and 4x), U. decumbens (2x and 4x) and U. ruziziensis (2x) via genomic in situ hybridization (GISH). Additionally, chromosome number and genome size were verified for the diploid genotypes. The diploids U. brizantha and U. decumbens presented 2n = 2x = 18 chromosomes and DNA content of 1.79 and 1.44 pg, respectively. The GISH analysis revealed high homology between the diploids U. brizantha and U. decumbens, which suggests relatively short divergence time. The GISH using genomic probes from the diploid accessions on the tetraploid accessions' chromosomes presented similar patterns, highlighting the genome B1 present in both of the tetraploids. Based on GISH results, the genomic constitution was proposed for the diploid genotypes of U. brizantha (B1B1) and U. decumbens (B1'B1') and both were pointed as donors of genome B1 (or B1'), present in the allotetraploid genotypes.

中文翻译:

Urochloa P. Beauv中基于GISH的比较基因组分析。

Urochloa P. Beauv属。[syn。[Brachiaria(Trin。)Griseb。]包括具有重要经济意义的草料。先前曾提出异源四倍体物种Urochloa brizantha(cv。Marandu)和Urochloa decumbens(cv。Basilisk)和二倍体Urochloa ruziziensis的基因组组成分别为BBB1B1,B1B1B2B2和B2B2。有证据表明,ruziziensis菌是U. decumbens等位四倍体中基因组B2的祖先供体,但基因组B和B1的起源仍然未知。有U. brizantha和U. decumbens的二倍体基因型可能是四倍体的潜在祖先。这项研究的目的是通过基因组原位杂交(GISH)来确定Brizantha螺旋藻(2x和4x),decumbens(2x和4x)和ruziziensis(2x)的基因组组成和基因型之间的关系。另外,验证了二倍体基因型的染色体数和基因组大小。二倍体U. brizantha和U. decumbens呈现2n = 2x = 18条染色体,DNA含量分别为1.79和1.44 pg。GISH分析表明二倍体U. brizantha和U. decumbens之间具有高度同源性,这表明发散时间相对较短。使用来自四倍体部分的染色体上的二倍体部分的基因组探针进行的GISH表现出相似的模式,突出显示了两个四倍体中都存在的基因组B1。根据GISH结果,提出了Brizantha(B1B1)和decumbens(B1'B1')二倍体基因型的基因组构成,并指出它们都是存在于异源四倍体中的B1(或B1')基因组的供体。基因型。二倍体U. brizantha和U. decumbens呈现2n = 2x = 18条染色体,DNA含量分别为1.79和1.44 pg。GISH分析表明二倍体U. brizantha和U. decumbens之间具有高度同源性,这表明发散时间相对较短。使用来自四倍体部分的染色体上的二倍体部分的基因组探针进行的GISH表现出相似的模式,突出显示了两个四倍体中都存在的基因组B1。根据GISH结果,提出了Brizantha(B1B1)和decumbens(B1'B1')二倍体基因型的基因组构成,并指出它们都是存在于异源四倍体中的B1(或B1')基因组的供体。基因型。二倍体U. brizantha和U. decumbens呈现2n = 2x = 18条染色体,DNA含量分别为1.79和1.44 pg。GISH分析表明,二倍体U. brizantha和U. decumbens之间具有高度同源性,这表明发散时间相对较短。使用来自四倍体部分的染色体上的二倍体部分的基因组探针进行的GISH表现出相似的模式,突出显示了两个四倍体中都存在的基因组B1。根据GISH结果,提出了Brizantha(B1B1)和decumbens(B1'B1')二倍体基因型的基因组构成,并指出它们都是存在于异源四倍体中的B1(或B1')基因组的供体。基因型。GISH分析表明二倍体U. brizantha和U. decumbens之间具有高度同源性,这表明发散时间相对较短。使用来自四倍体部分的染色体上的二倍体部分的基因组探针进行的GISH表现出相似的模式,突出显示了两个四倍体中都存在的基因组B1。根据GISH结果,提出了Brizantha(B1B1)和decumbens(B1'B1')二倍体基因型的基因组构成,并指出它们都是存在于异源四倍体中的B1(或B1')基因组的供体。基因型。GISH分析表明,二倍体U. brizantha和U. decumbens之间具有高度同源性,这表明发散时间相对较短。使用来自四倍体部分的染色体上的二倍体部分的基因组探针进行的GISH表现出相似的模式,突出显示了两个四倍体中都存在的基因组B1。根据GISH结果,提出了Brizantha(B1B1)和decumbens(B1'B1')二倍体基因型的基因组构成,并指出它们都是存在于异源四倍体中的B1(或B1')基因组的供体。基因型。突出显示了两个四倍体中都存在的基因组B1。根据GISH结果,提出了Brizantha(B1B1)和decumbens(B1'B1')二倍体基因型的基因组构成,并指出它们都是存在于异源四倍体中的B1(或B1')基因组的供体。基因型。突出显示了两个四倍体中都存在的基因组B1。根据GISH结果,提出了Brizantha(B1B1)和decumbens(B1'B1')二倍体基因型的基因组构成,并指出它们都是存在于异源四倍体中的B1(或B1')基因组的供体。基因型。
更新日期:2020-01-14
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