The whitefy Bemisia tabaci, a species complex consisting of many morphologically indistinguishable species divided into distinct clades, is one of the most globally important agricultural pests and plant virus vectors. Cassava-colonizing B. tabaci transmits viruses that cause cassava mosaic disease (CMD) and cassava brown streak disease (CBSD). Half of all cassava plants in Africa are affected by these viral diseases, resulting in annual production losses of more than US$ 1 billion. Here we report the draft genome of the cassava whitefly B. tabaci Sub-Saharan Africa - East and Central Africa (SSA-ECA), the super-abundant population that has been associated with the rapid spread of viruses causing the pandemics of CMD and CBSD. The SSA-ECA genome assembled from Illumina short reads has a total size of 513.7 Mb and a scaffold N50 length of 497 kb, and contains 15,084 predicted protein-coding genes. Phylogenetic analysis suggests that SSA-ECA diverged from MEAM1 around 5.26 million years ago. A comprehensive genetic analysis of cassava-colonizing B. tabaci in Africa was also conducted, in which a total of 243 whitefly specimens were collected from 18 countries representing all major cassava-growing regions in the continent and genotyped using NextRAD sequencing. Population genomic analyses confirmed the existence of six major populations linked by gene flow and inferred the distribution patterns of these populations across the African continent. The genome of SSA-ECA and the genetic findings provide valuable resources and guidance to facilitate whitefly research and the development of strategies to control cassava viral diseases spread by whiteflies.

中文翻译：

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非洲木薯粉虱的基因组烟粉虱和非洲木薯定殖粉虱的分布和遗传多样性。

粉煤灰烟粉虱（Bemisia tabaci）是由许多形态上无法区分的物种分成不同进化枝的物种复合体，是全球最重要的农业害虫和植物病毒载体之一。木薯定殖的烟粉虱传播引起木薯花叶病（CMD）和木薯褐条病（CBSD）的病毒。非洲所有木薯植物中有一半受到这些病毒性疾病的影响，每年的生产损失超过10亿美元。在这里，我们报告了木薯粉虱B. tabaci撒哈拉以南非洲-东非和中非（SSA-ECA）的基因组草案，这是一种与病毒迅速扩散有关的超大量种群，这些病毒导致CMD和CBSD大流行。由Illumina短读段组装而成的SSA-ECA基因组的总大小为513.7 Mb，支架的N50长度为497 kb，并包含15,084个预测的蛋白质编码基因。系统发育分析表明，大约在526万年前，SSA-ECA与MEAM1分道扬.。还对非洲木薯定殖的烟粉虱进行了全面的遗传分析，其中从代表该大陆所有主要木薯种植区的18个国家收集了243个粉虱标本，并使用NextRAD测序对它们进行了基因分型。种群基因组学分析证实了存在6个主要种群，这些种群与基因流有关，并推断了这些种群在非洲大陆的分布方式。SSA-ECA的基因组和遗传发现为促进粉虱研究和控制粉虱传播的木薯病毒性疾病的策略提供了宝贵的资源和指导。084个预测的蛋白质编码基因。系统发育分析表明，大约在526万年前，SSA-ECA与MEAM1分道扬.。还对非洲木薯定殖的烟粉虱进行了全面的遗传分析，其中从代表该大陆所有主要木薯种植区的18个国家收集了243个粉虱标本，并使用NextRAD测序对它们进行了基因分型。人口基因组分析证实了存在6个主要种群，这些主要种群通过基因流联系在一起，并推断了这些种群在非洲大陆的分布方式。SSA-ECA的基因组和遗传发现为促进粉虱研究和控制粉虱传播的木薯病毒性疾病的策略提供了宝贵的资源和指导。084个预测的蛋白质编码基因。系统发育分析表明，大约在526万年前，SSA-ECA与MEAM1分道扬.。还对非洲木薯定殖的烟粉虱进行了全面的遗传分析，其中从代表该大陆所有主要木薯种植区的18个国家收集了243个粉虱标本，并使用NextRAD测序对它们进行了基因分型。种群基因组学分析证实了存在6个主要种群，这些种群与基因流有关，并推断了这些种群在非洲大陆的分布方式。SSA-ECA的基因组和遗传发现为促进粉虱研究和控制粉虱传播的木薯病毒性疾病的策略提供了宝贵的资源和指导。系统发育分析表明，大约在526万年前，SSA-ECA与MEAM1分道扬.。还对非洲木薯定殖的烟粉虱进行了全面的遗传分析，其中从代表该大陆所有主要木薯种植区的18个国家收集了243个粉虱标本，并使用NextRAD测序对它们进行了基因分型。种群基因组学分析证实了存在6个主要种群，这些种群与基因流有关，并推断了这些种群在非洲大陆的分布方式。SSA-ECA的基因组和遗传发现为促进粉虱研究和控制粉虱传播的木薯病毒性疾病的策略提供了宝贵的资源和指导。系统发育分析表明，大约在526万年前，SSA-ECA与MEAM1分道扬.。还对非洲木薯定殖的烟粉虱进行了全面的遗传分析，其中从代表该大陆所有主要木薯种植区的18个国家收集了243个粉虱标本，并使用NextRAD测序对它们进行了基因分型。种群基因组学分析证实了存在6个主要种群，这些种群与基因流有关，并推断了这些种群在非洲大陆的分布方式。SSA-ECA的基因组和遗传发现为促进粉虱研究和控制粉虱传播的木薯病毒性疾病的策略提供了宝贵的资源和指导。还对非洲木薯定殖的烟粉虱进行了全面的遗传分析，其中从代表该大陆所有主要木薯种植区的18个国家收集了243个粉虱标本，并使用NextRAD测序对它们进行了基因分型。种群基因组学分析证实了存在6个主要种群，这些种群与基因流有关，并推断了这些种群在非洲大陆的分布方式。SSA-ECA的基因组和遗传发现为粉虱研究和控制粉虱传播的木薯病毒性疾病的策略提供了宝贵的资源和指导。还对非洲木薯定殖的烟粉虱进行了全面的遗传分析，其中从代表该大陆所有主要木薯种植区的18个国家收集了243个粉虱标本，并使用NextRAD测序对它们进行了基因分型。种群基因组学分析证实了存在6个主要的种群，这些种群与基因流有关，并推断了这些种群在非洲大陆的分布方式。SSA-ECA的基因组和遗传发现为促进粉虱研究和控制粉虱传播的木薯病毒性疾病的策略提供了宝贵的资源和指导。其中，从18个国家/地区收集了243个粉虱标本，这些标本代表了非洲大陆所有主要的木薯种植区，并使用NextRAD测序进行了基因分型。种群基因组学分析证实了存在6个主要的种群，这些种群与基因流有关，并推断了这些种群在非洲大陆的分布方式。SSA-ECA的基因组和遗传发现为促进粉虱研究和控制粉虱传播的木薯病毒性疾病的策略提供了宝贵的资源和指导。其中，从18个国家/地区收集了243个粉虱标本，这些标本代表了非洲大陆所有主要的木薯种植区，并使用NextRAD测序进行了基因分型。种群基因组学分析证实了存在6个主要的种群，这些种群与基因流有关，并推断了这些种群在非洲大陆的分布方式。SSA-ECA的基因组和遗传发现为促进粉虱研究和控制粉虱传播的木薯病毒性疾病的策略提供了宝贵的资源和指导。