Transcription factors (TFs) selectively bind distinct sets of sites in different cell types. Such cell type-specific binding specificity is expected to result from interplay between the TF's intrinsic sequence preferences, cooperative interactions with other regulatory proteins, and cell type-specific chromatin landscapes. Cell type-specific TF binding events are highly correlated with patterns of chromatin accessibility and active histone modifications in the same cell type. However, since concurrent chromatin may itself be a consequence of TF binding, chromatin landscapes measured prior to TF activation provide more useful insights into how cell type-specific TF binding events became established in the first place. Here, we review the various sequence and chromatin determinants of cell type-specific TF binding specificity. We identify the current challenges and opportunities associated with computational approaches to characterizing, imputing, and predicting cell type-specific TF binding patterns. We further focus on studies that characterize TF binding in dynamic regulatory settings, and we discuss how these studies are leading to a more complex and nuanced understanding of dynamic protein-DNA binding activities. We propose that TF binding activities at individual sites can be viewed along a two-dimensional continuum of local sequence and chromatin context. Under this view, cell type-specific TF binding activities may result from either strongly favorable sequence features or strongly favorable chromatin context.

中文翻译：

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转录因子结合的序列和染色质决定因素以及细胞类型特异性结合模式的建立。

转录因子（TFs）选择性结合不同细胞类型中不同的位点集。预期这种细胞类型特异性结合特异性是由TF的固有序列偏好，与其他调节蛋白的协同相互作用以及细胞类型特异性染色质景观之间的相互作用所导致的。细胞类型特异性TF结合事件与相同细胞类型中染色质可及性和活性组蛋白修饰的模式高度相关。但是，由于并发的染色质本身可能是TF结合的结果，因此在TF激活之前测得的染色质图谱提供了关于如何首先建立细胞类型特异性TF结合事件的更有用的见解。在这里，我们审查细胞类型特异性TF结合特异性的各种序列和染色质决定簇。我们确定与表征，估算和预测细胞类型特定的TF绑定模式的计算方法相关的当前挑战和机遇。我们进一步专注于表征动态调节环境中TF结合的研究，并讨论这些研究如何导致对动态蛋白质-DNA结合活性的更复杂和细微的了解。我们建议可以沿着局部序列和染色质上下文的二维连续体查看在单个位点的TF结合活性。根据这种观点，细胞类型特异性的TF结合活性可能来自强烈有利的序列特征或强烈有利的染色质背景。并预测特定于细胞类型的TF结合模式。我们进一步专注于表征动态调节环境中TF结合的研究，并且我们讨论这些研究如何导致对动态蛋白质-DNA结合活性的更复杂和细微的了解。我们建议可以沿着局部序列和染色质上下文的二维连续体查看在单个位点的TF结合活性。根据这种观点，细胞类型特异性的TF结合活性可能来自强烈有利的序列特征或强烈有利的染色质背景。并预测特定于细胞类型的TF结合模式。我们进一步专注于表征动态调节环境中TF结合的研究，并讨论这些研究如何导致对动态蛋白质-DNA结合活性的更复杂和细微的了解。我们建议可以沿着局部序列和染色质上下文的二维连续体查看在单个位点的TF结合活性。根据这种观点，细胞类型特异性的TF结合活性可能来自强烈有利的序列特征或强烈有利的染色质背景。我们建议可以沿着局部序列和染色质上下文的二维连续体查看在单个位点的TF结合活性。根据这种观点，细胞类型特异性的TF结合活性可能来自强烈有利的序列特征或强烈有利的染色质背景。我们建议可以沿着局部序列和染色质上下文的二维连续体查看在单个位点的TF结合活性。根据这种观点，细胞类型特异性的TF结合活性可能来自强烈有利的序列特征或强烈有利的染色质背景。