In the design of 1-phenylbenzimidazoles as model cyclooxygenase (COX) inhibitors, docking to a series of crystallographic COX structures was performed to evaluate their potential for high-affinity binding and to reproduce the interaction profile of well-known COX inhibitors. The effect of ligand-specific induced fit on the calculations was also studied. To quantitatively compare the pattern of interactions of model compounds to the profile of several cocrystallized COX inhibitors, a geometric parameter, denominated ligand-receptor contact distance (LRCD), was developed. The interaction profile of several model complexes showed similarity to the profile of COX complexes with inhibitors such as iodosuprofen, iodoindomethacin, diclofenac, and flurbiprofen. Shaping of high-affinity binding sites upon ligand-specific induced fit mostly determined both the affinity and the binding mode of the ligands in the docking calculations. The results suggest potential of 1-phenylbenzimidazole derivatives as COX inhibitors on the basis of their predicted affinity and interaction profile to COX enzymes. The analyses also provided insights into the role of induced fit in COX enzymes. While inhibitors produce different local structural changes at the COX ligand binding site, induced fit allows inhibitors in diverse chemical classes to share characteristic interaction patterns that ensure key contacts to be achieved. Different interaction patterns may also be associated with different inhibitory mechanisms.

中文翻译：

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分析1-苯基苯并咪唑与环加氧酶的相互作用。

在设计1-苯基苯并咪唑作为模型环氧合酶（COX）抑制剂的过程中，对接至一系列结晶COX结构，以评估其高亲和力结合潜力并重现众所周知的COX抑制剂的相互作用情况。还研究了配体特异性诱导拟合对计算的影响。为了定量比较模型化合物与几种共结晶的COX抑制剂的相互作用模式，开发了一种几何参数，命名为配体-受体接触距离（LRCD）。几种模型配合物的相互作用曲线显示出与COX配合物与抑制剂（如碘普洛芬，碘吲哚美辛，双氯芬酸和氟比洛芬）的相似性。在对接计算中，高亲和力结合位点在配体特异性诱导拟合后的形状主要决定了配体的亲和力和结合模式。结果表明1-苯基苯并咪唑衍生物作为COX抑制剂的潜力，基于其对COX酶的预测亲和力和相互作用情况。这些分析还提供了关于诱导适应在COX酶中的作用的见解。抑制剂在COX配体结合位点产生不同的局部结构变化时，诱导的拟合使不同化学类别的抑制剂能够共享特征性的相互作用模式，从而确保实现关键的接触。不同的相互作用模式也可能与不同的抑制机制有关。结果表明1-苯基苯并咪唑衍生物作为COX抑制剂的潜力，基于其对COX酶的预测亲和力和相互作用情况。这些分析还提供了关于诱导适应在COX酶中的作用的见解。抑制剂在COX配体结合位点产生不同的局部结构变化时，诱导的拟合使不同化学类别的抑制剂能够共享特征性的相互作用模式，从而确保实现关键的接触。不同的相互作用模式也可能与不同的抑制机制有关。结果表明1-苯基苯并咪唑衍生物作为COX抑制剂的潜力，基于其对COX酶的预测亲和力和相互作用情况。这些分析还提供了关于诱导适应在COX酶中的作用的见解。抑制剂在COX配体结合位点产生不同的局部结构变化时，诱导的拟合使不同化学类别的抑制剂能够共享特征性的相互作用模式，从而确保实现关键的接触。不同的相互作用模式也可能与不同的抑制机制有关。抑制剂在COX配体结合位点产生不同的局部结构变化时，诱导的拟合使不同化学类别的抑制剂能够共享特征性的相互作用模式，从而确保实现关键的接触。不同的相互作用模式也可能与不同的抑制机制有关。抑制剂在COX配体结合位点产生不同的局部结构变化时，诱导的拟合使不同化学类别的抑制剂能够共享特征性的相互作用模式，从而确保实现关键的接触。不同的相互作用模式也可能与不同的抑制机制有关。