BACKGROUND Identification of all possible HIV reservoirs is an important aspect in HIV eradication efforts. The urinary tract has however not been well studied as a potential HIV reservoir. In this pilot study we molecularly characterized HIV-1 viruses in urine and plasma samples to investigate HIV-1 replication, compartmentalization and persistence in the urinary tract. METHODS Prospectively collected urine and blood samples collected over 12-36 months from 20 HIV-1 infected individuals were analysed including sampling points from prior to and after ART initiation. HIV-1 pol gene RNA and DNA from urine supernatant and urine pellets respectively were analysed and compared to plasma RNA viruses from the same individual. RESULTS HIV-1 nucleic acid was detected in urine samples from at least one time point in 8/20 (40%) treatment-naïve subjects compared to 1/13 (7.7%) individuals on antiretroviral treatment (ART) during periods of plasma viral suppression and 1/7 (14.3%) individuals with virological failure. HIV-1 RNA was undetectable in urine samples after ART initiation but HIV-1 DNA was detectable in one patient more than 6 months after treatment initiation. There was co-clustering of urine-derived pol sequences but some urine-derived sequences were interspersed among the plasma-derived sequences. CONCLUSIONS Suppressive ART reduces HIV-1 replication in the urinary tract but HIV-1 DNA may persist in these cells despite treatment. A larger number of sequences would be required to confirm HIV compartmentalization in the urinary tract.

中文翻译：

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尿路HIV-1人群的检测和分子表征。

背景技术识别所有可能的HIV储存库是消除HIV努力中的重要方面。然而，尚未对尿路作为潜在的艾滋病毒储库进行很好的研究。在这项初步研究中，我们对尿液和血浆样品中的HIV-1病毒进行了分子表征，以研究HIV-1在尿道中的复制，分隔和持久性。方法分析前瞻性收集的从20名感染HIV-1的个体在12-36个月内收集的尿液和血液样本，包括开始ART前后的采样点。分析了分别来自尿液上清液和尿液沉淀的HIV-1 pol基因RNA和DNA，并将其与同一个人的血浆RNA病毒进行了比较。结果在血浆病毒期间，至少有8/20（40％）未接受治疗的受试者在至少一个时间点的尿液样本中检测到HIV-1核酸，而接受抗逆转录病毒治疗（ART）的患者中有1/13（7.7％）的受试者对此有检测抑制和1/7（14.3％）个人的病毒学衰竭。开始抗逆转录病毒治疗后尿液样本中未检测到HIV-1 RNA，但治疗开始后6个月以上的一名患者可检测到HIV-1 DNA。共有尿液衍生的pol序列的聚簇，但一些尿液衍生的序列散布在血浆衍生的序列中。结论抑制性ART减少了尿道中HIV-1的复制，但是尽管进行了治疗，HIV-1 DNA仍可在这些细胞中持续存在。需要更多的序列来确认艾滋病毒在尿路中的分隔。血浆病毒抑制期间接受抗逆转录病毒治疗（ART）的个体为7％），而病毒学衰竭的个体为1/7（14.3％）。开始抗逆转录病毒治疗后尿液样本中未检测到HIV-1 RNA，但治疗开始后6个月以上的一名患者可检测到HIV-1 DNA。共有尿液衍生的pol序列的聚簇，但一些尿液衍生的序列散布在血浆衍生的序列中。结论抑制性ART减少了尿道中HIV-1的复制，但是尽管进行了治疗，HIV-1 DNA仍可在这些细胞中持续存在。需要更多的序列来确认艾滋病毒在尿路中的分隔。血浆病毒抑制期间接受抗逆转录病毒治疗（ART）的个体为7％），而病毒学衰竭的个体为1/7（14.3％）。开始抗逆转录病毒治疗后尿液样本中未检测到HIV-1 RNA，但治疗开始后6个月以上的一名患者可检测到HIV-1 DNA。共有尿液衍生的pol序列的聚簇，但一些尿液衍生的序列散布在血浆衍生的序列中。结论抑制性ART减少了尿道中HIV-1的复制，但是尽管进行了治疗，HIV-1 DNA仍可在这些细胞中持续存在。需要更多的序列来确认艾滋病毒在尿路中的分隔。开始抗逆转录病毒治疗后尿液样本中未检测到HIV-1 RNA，但治疗开始后6个月以上的一名患者可检测到HIV-1 DNA。共有尿液衍生的pol序列的聚簇，但一些尿液衍生的序列散布在血浆衍生的序列中。结论抑制性ART减少了尿道中HIV-1的复制，但是尽管进行了治疗，HIV-1 DNA仍可在这些细胞中持续存在。需要更多的序列来确认艾滋病毒在尿路中的分隔。开始抗逆转录病毒治疗后尿液样本中未检测到HIV-1 RNA，但治疗开始后6个月以上的一名患者可检测到HIV-1 DNA。共有尿液衍生的pol序列的聚簇，但一些尿液衍生的序列散布在血浆衍生的序列中。结论抑制性ART减少了尿道中HIV-1的复制，但是尽管进行了治疗，HIV-1 DNA仍可在这些细胞中持续存在。需要更多的序列来确认艾滋病毒在尿路中的分隔。结论抑制性ART减少了尿道中HIV-1的复制，但是尽管进行了治疗，HIV-1 DNA仍可在这些细胞中持续存在。需要更多的序列来确认艾滋病毒在尿路中的分隔。结论抑制性ART减少了尿道中HIV-1的复制，但是尽管进行了治疗，HIV-1 DNA仍可在这些细胞中持续存在。需要更多的序列来确认艾滋病毒在尿路中的分隔。