Cassava brown streak disease (CBSD) caused by Cassava brown streak virus (CBSV) and Uganda cassava brown streak virus (UCBSV) is a major constraint to cassava production in Mozambique. Full genome sequences of CBSD‐associated virus isolates contribute to the understanding of genetic diversity and the development of new diagnostic primers that can be used for early detection of the viruses for sustainable disease management. This study determined seven new whole CBSV genomes from total RNA isolated from cassava leaves with CBSD symptoms collected from Nampula and Zambezia in Mozambique. Phylogenetic analyses of the new genomes with published CBSV and UCBSV sequences in GenBank grouped the CBSV isolates from Mozambique into two distinct clades together with CBSV isolates from Tanzania. Clade 1 and 2 isolates shared low nucleotide (79.1–80.4%) and amino acid (86.5–88.2%) sequence identity. Further, comparisons within the seven new CBSV isolates, and between them and the single published complete CBSV sequence (CBSV_MO_83_FN434436) from Mozambique, revealed nucleotide sequence identities of 79.3–100% and 79.3–98%, respectively, and amino acid identities of 86.7–100% and 86.7–98.8%. In addition, using RDP4, a recombination analysis comprising all CBSV and UCBSV genome sequences from GenBank detect 11 recombination events. Using several comprehensive evolutionary models and statistical programs, it was confirmed that CBSV and UCBSV are distinct virus species, with an additional probable new species (clade 2).

中文翻译：

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对莫桑比克木薯褐条病毒的七个新全基因组序列的分析揭示了两个不同的进化枝：新物种的证据

由木薯褐条纹病毒（CBSV）和乌干达木薯褐条纹病毒（UCBSV）引起的木薯褐条纹病（CBSD）是莫桑比克木薯生产的主要制约因素。CBSD 相关病毒分离株的全基因组序列有助于了解遗传多样性和开发新的诊断引物，这些引物可用于早期检测病毒以实现可持续的疾病管理。这项研究从从莫桑比克楠普拉和赞比西亚收集的具有 CBSD 症状的木薯叶中分离出的总 RNA 中确定了七个新的全 CBSV 基因组。对 GenBank 中公布的 CBSV 和 UCBSV 序列的新基因组进行系统发育分析，将来自莫桑比克的 CBSV 分离株与来自坦桑尼亚的 CBSV 分离株一起分为两个不同的进化枝。进化枝 1 和 2 分离株共享低核苷酸 (79.1–80. 4%) 和氨基酸 (86.5–88.2%) 序列同一性。此外，在七个新的 CBSV 分离株内，以及它们与来自莫桑比克的单一公布的完整 CBSV 序列 (CBSV_MO_83_FN434436) 之间的比较显示，核苷酸序列同一性分别为 79.3-100% 和 79.3-98%，氨基酸同一性为 86.7- 100% 和 86.7-98.8%。此外，使用 RDP4，包含来自 GenBank 的所有 CBSV 和 UCBSV 基因组序列的重组分析检测到 11 个重组事件。使用几个综合进化模型和统计程序，证实 CBSV 和 UCBSV 是不同的病毒物种，还有一个可能的新物种（进化枝 2）。它们与来自莫桑比克的单一已发表完整 CBSV 序列 (CBSV_MO_83_FN434436) 显示核苷酸序列同一性分别为 79.3-100% 和 79.3-98%，氨基酸同一性为 86.7-100% 和 86.7-98.8%。此外，使用 RDP4，包含来自 GenBank 的所有 CBSV 和 UCBSV 基因组序列的重组分析检测到 11 个重组事件。使用几个综合进化模型和统计程序，证实 CBSV 和 UCBSV 是不同的病毒物种，还有一个可能的新物种（进化枝 2）。它们与来自莫桑比克的单一已发表完整 CBSV 序列 (CBSV_MO_83_FN434436) 显示核苷酸序列同一性分别为 79.3-100% 和 79.3-98%，氨基酸同一性为 86.7-100% 和 86.7-98.8%。此外，使用 RDP4，包含来自 GenBank 的所有 CBSV 和 UCBSV 基因组序列的重组分析检测到 11 个重组事件。使用几个综合进化模型和统计程序，证实 CBSV 和 UCBSV 是不同的病毒物种，还有一个可能的新物种（进化枝 2）。包含来自 GenBank 的所有 CBSV 和 UCBSV 基因组序列的重组分析检测到 11 个重组事件。使用几个综合进化模型和统计程序，证实 CBSV 和 UCBSV 是不同的病毒物种，还有一个可能的新物种（进化枝 2）。包含来自 GenBank 的所有 CBSV 和 UCBSV 基因组序列的重组分析检测到 11 个重组事件。使用几个综合进化模型和统计程序，证实 CBSV 和 UCBSV 是不同的病毒物种，还有一个可能的新物种（进化枝 2）。