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Consistent Estimation of Divergence Times in Phylogenetic Trees with Local Molecular Clocks
Systematic Biology ( IF 6.5 ) Pub Date : 2008-12-01 , DOI: 10.1080/10635150802562400
Bodil Svennblad 1
Affiliation  

This PhD thesis consists of an introduction and five papers, dealing with statistical methods in phylogenetics.A phylogenetic tree describes the evolutionary relationships among species assuming that they share a common ancestor and that evolution takes place in a tree like manner. Our aim is to reconstruct the evolutionary relationships from aligned DNA sequences.In the first two papers we investigate two measures of confidence for likelihood based methods, bootstrap frequencies with Maximum Likelihood (ML) and Bayesian posterior probabilities. We show that an earlier claimed approximate equivalence between them holds under certain conditions, but not in the current implementations of the two methods.In the following two papers the divergence times of the internal nodes are considered. The ML estimate of the divergence time of the root is improved if longer sequences are analyzed or if more taxa are added. We show that the gain in precision is faster with longer sequences than with more taxa. We also show that the algorithm of the software package PATHd8 may give biased estimates if the global molecular clock is violated. A change of the algorithm to obtain unbiased estimates is therefore suggested.The last paper deals with non-informative priors when using the Bayesian approach in phylogenetics. The term is not uniquely defined in the literature. We adopt the idea of data translated likelihoods and derive the so called Jeffreys' prior for branch lengths using Jukes Cantor model of evolution.

中文翻译:

具有局部分子钟的系统发育树发散时间的一致估计

这篇博士论文由一篇介绍和五篇论文组成,涉及系统发育学中的统计方法。系统发育树描述了物种之间的进化关系,假设它们具有共同的祖先,并且进化以树状方式发生。我们的目标是从对齐的 DNA 序列中重建进化关系。在前两篇论文中,我们研究了基于似然的方法的两种置信度度量,最大似然 (ML) 和贝叶斯后验概率的引导频率。我们表明,早先声称的它们之间的近似等价在某些条件下成立,但在这两种方法的当前实现中不成立。在以下两篇论文中,考虑了内部节点的发散时间。如果分析更长的序列或添加更多的分类群,则根的发散时间的 ML 估计会得到改进。我们表明,与使用更多分类群相比,更长序列的精度提高更快。我们还表明,如果违反全局分子钟,软件包 PATHd8 的算法可能会给出有偏差的估计。因此建议改变算法以获得无偏估计。最后一篇论文涉及在系统发育学中使用贝叶斯方法时的非信息先验。该术语在文献中没有唯一定义。我们采用数据转换似然的思想,并使用 Jukes Cantor 进化模型推导出分支长度的所谓 Jeffreys 先验。我们表明,与使用更多分类群相比,更长序列的精度提高更快。我们还表明,如果违反全局分子钟,软件包 PATHd8 的算法可能会给出有偏差的估计。因此建议改变算法以获得无偏估计。最后一篇论文涉及在系统发育学中使用贝叶斯方法时的非信息先验。该术语在文献中没有唯一定义。我们采用数据转换似然的思想,并使用 Jukes Cantor 进化模型推导出分支长度的所谓 Jeffreys 先验。我们表明,与使用更多分类群相比,更长序列的精度提高更快。我们还表明,如果违反全局分子钟,软件包 PATHd8 的算法可能会给出有偏差的估计。因此建议改变算法以获得无偏估计。最后一篇论文涉及在系统发育学中使用贝叶斯方法时的非信息先验。该术语在文献中没有唯一定义。我们采用数据转换似然的思想,并使用 Jukes Cantor 进化模型推导出分支长度的所谓 Jeffreys 先验。最后一篇论文讨论了在系统发育学中使用贝叶斯方法时的非信息先验。该术语在文献中没有唯一定义。我们采用数据转换似然的思想,并使用 Jukes Cantor 进化模型推导出分支长度的所谓 Jeffreys 先验。最后一篇论文讨论了在系统发育学中使用贝叶斯方法时的非信息先验。该术语在文献中没有唯一定义。我们采用数据转换似然的思想,并使用 Jukes Cantor 进化模型推导出分支长度的所谓 Jeffreys 先验。
更新日期:2008-12-01
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