BACKGROUND High-throughput mass spectrometric (HT-MS) study is the method of choice for monitoring global changes in proteome. Data derived from these studies are meant for further validation and experimentation to discover novel biological insights. Here we evaluate use of relative solvent accessible surface area (rSASA) and DEPTH as indices to assess experimentally determined phosphorylation events deposited in PhosphoSitePlus. RESULTS Based on accessibility, we map these identifications on allowed (accessible) or disallowed (inaccessible) regions of phosphoconformation. Surprisingly a striking number of HT-MS/MS derived events (1461/5947 sites or 24.6%) are present in the disallowed region of conformation. By considering protein dynamics, autophosphorylation events and/or the sequence specificity of kinases, 13.8% of these phosphosites can be moved to the allowed region of conformation. We also demonstrate that rSASA values can be used to increase the confidence of identification of phosphorylation sites within an ambiguous MS dataset. CONCLUSION While MS is a stand-alone technique for the identification of vast majority of phosphorylation events, identifications within disallowed region of conformation will benefit from techniques that independently probe for phosphorylation and protein dynamics. Our studies also imply that trapping alternate protein conformations may be a viable alternative to the design of inhibitors against mutation prone drug resistance kinases.

中文翻译：

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通过质谱鉴定的磷酸蛋白质组的结构询问揭示了允许和不允许的磷酸构象区域。

背景 高通量质谱 (HT-MS) 研究是监测蛋白质组整体变化的首选方法。来自这些研究的数据旨在进一步验证和实验，以发现新的生物学见解。在这里，我们评估使用相对溶剂可及表面积 (rSASA) 和 DEPTH 作为指标来评估沉积在 PhosphoSitePlus 中的实验确定的磷酸化事件。结果基于可访问性，我们将这些标识映射到允许（可访问）或不允许（不可访问）的磷酸构象区域。令人惊讶的是，在不允许的构象区域中存在数量惊人的 HT-MS/MS 衍生事件（1461/5947 个位点或 24.6%）。通过考虑蛋白质动力学、自磷酸化事件和/或激酶的序列特异性，13。8% 的这些磷​​位点可以移动到允许的构象区域。我们还证明了 rSASA 值可用于提高在不明确的 MS 数据集中识别磷酸化位点的置信度。结论 虽然 MS 是用于识别绝大多数磷酸化事件的独立技术，但在不允许的构象区域内的识别将受益于独立探测磷酸化和蛋白质动力学的技术。我们的研究还暗示，捕获替代蛋白质构象可能是设计抗突变耐药激酶抑制剂的可行替代方案。我们还证明了 rSASA 值可用于提高在不明确的 MS 数据集中识别磷酸化位点的置信度。结论 虽然 MS 是用于识别绝大多数磷酸化事件的独立技术，但在不允许的构象区域内的识别将受益于独立探测磷酸化和蛋白质动力学的技术。我们的研究还暗示，捕获替代蛋白质构象可能是设计抗突变耐药激酶抑制剂的可行替代方案。我们还证明了 rSASA 值可用于提高在不明确的 MS 数据集中识别磷酸化位点的置信度。结论 虽然 MS 是用于识别绝大多数磷酸化事件的独立技术，但在不允许的构象区域内的识别将受益于独立探测磷酸化和蛋白质动力学的技术。我们的研究还暗示，捕获替代蛋白质构象可能是设计抗突变耐药激酶抑制剂的可行替代方案。禁止构象区域内的鉴定将受益于独立探测磷酸化和蛋白质动力学的技术。我们的研究还暗示，捕获替代蛋白质构象可能是设计抗突变耐药激酶抑制剂的可行替代方案。禁止构象区域内的鉴定将受益于独立探测磷酸化和蛋白质动力学的技术。我们的研究还暗示，捕获替代蛋白质构象可能是设计抗突变耐药激酶抑制剂的可行替代方案。