BACKGROUND We introduce a protein docking refinement method that accepts complexes consisting of any number of monomeric units. The method uses a scoring function based on a tight coupling between evolutionary conservation, geometry and physico-chemical interactions. Understanding the role of protein complexes in the basic biology of organisms heavily relies on the detection of protein complexes and their structures. Different computational docking methods are developed for this purpose, however, these methods are often not accurate and their results need to be further refined to improve the geometry and the energy of the resulting complexes. Also, despite the fact that complexes in nature often have more than two monomers, most docking methods focus on dimers since the computational complexity increases exponentially due to the addition of monomeric units. RESULTS Our results show that the refinement scheme can efficiently handle complexes with more than two monomers by biasing the results towards complexes with native interactions, filtering out false positive results. Our refined complexes have better IRMSDs with respect to the known complexes and lower energies than those initial docked structures. CONCLUSIONS Evolutionary conservation information allows us to bias our results towards possible functional interfaces, and the probabilistic selection scheme helps us to escape local energy minima. We aim to incorporate our refinement method in a larger framework which also enables docking of multimeric complexes given only monomeric structures.

中文翻译：

---

保护和生物物理学指导的随机方法来提炼对接的多聚体蛋白质。

背景我们引入了一种蛋白质对接精化方法，该方法接受由任意数量的单体单元组成的复合物。该方法使用基于进化守恒、几何和物理化学相互作用之间的紧密耦合的评分函数。了解蛋白质复合物在生物体基本生物学中的作用在很大程度上依赖于蛋白质复合物及其结构的检测。为此目的开发了不同的计算对接方法，但是，这些方法通常不准确，需要进一步改进其结果以改善所得复合物的几何形状和能量。此外，尽管自然界中的复合物通常有两个以上的单体，大多数对接方法都集中在二聚体上，因为由于添加了单体单元，计算复杂度呈指数增长。结果我们的结果表明，通过将结果偏向具有天然相互作用的复合物，过滤掉假阳性结果，改进方案可以有效地处理具有两个以上单体的复合物。我们精制的复合物相对于已知复合物具有更好的 IRMSD，并且比那些初始对接结构具有更低的能量。结论进化守恒信息允许我们将结果偏向可能的功能接口，概率选择方案帮助我们摆脱局部能量最小值。我们的目标是将我们的改进方法结合到一个更大的框架中，这也使得仅给定单体结构的多聚体复合物能够对接。结果我们的结果表明，通过将结果偏向具有天然相互作用的复合物，过滤掉假阳性结果，改进方案可以有效地处理具有两个以上单体的复合物。我们精制的复合物相对于已知复合物具有更好的 IRMSD，并且比那些初始对接结构具有更低的能量。结论进化守恒信息允许我们将结果偏向可能的功能接口，概率选择方案帮助我们摆脱局部能量最小值。我们的目标是将我们的改进方法结合到一个更大的框架中，这也使得仅给定单体结构的多聚体复合物能够对接。结果我们的结果表明，通过将结果偏向具有天然相互作用的复合物，过滤掉假阳性结果，改进方案可以有效地处理具有两个以上单体的复合物。我们精制的复合物相对于已知复合物具有更好的 IRMSD，并且比那些初始对接结构具有更低的能量。结论进化守恒信息允许我们将结果偏向可能的功能接口，概率选择方案帮助我们摆脱局部能量最小值。我们的目标是将我们的改进方法结合到一个更大的框架中，这也使得仅给定单体结构的多聚体复合物能够对接。