最新细胞死亡方式之双硫死亡！快人一步生信切入点！

CC 生信人

最近，发表在Nature Cell Biology（IF：28.21）杂志上的“双硫死亡”想必已经多次呈现在各位面前了，in one word，甘波谊和陈俊杰团队的研究成果Actin cytoskeleton vulnerability to disulfide stress mediated disulfidptosis，详细介绍了一种二硫化物应激诱导细胞死亡的机制——Disulfidptosis（双硫死亡），可能为新的癌症治疗策略打开大门。

双硫死亡个性化思路

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双硫死亡到底是什么？简单来说，研究人员发现了一种先前无法解释的细胞死亡类型：由细胞内过量胱氨酸积累引起的二硫化物应激（disulfide stress）导致的快速死亡方式。换言之，在葡萄糖缺乏的SLC7A11-high癌细胞中，大量积累的二硫化物分子导致肌动蛋白细胞骨架蛋白之间的异常二硫化物键合，干扰其组织，最终导致肌动蛋白网络崩溃和细胞死亡。

Ps: 如果想看这篇文章的详细解读，可以网页搜索“双硫死亡”（“四面八方的大神已经各显神通啦”）~

关注过公众号文章的小伙伴应该有印象，之前已经为大家分享过非常多的细胞死亡的文章以及生信思路，例如细胞焦亡、坏死性凋亡、泛凋亡、铜死亡、失巢凋亡等等。今天给大家带来的是“双硫死亡“！但是，针对此次新晋黑马，对于原文的解读网上已经一大堆了，小编不想再浪费大家的宝贵时间，所以今天小编不解读文章，而是跟大家聊聊生信的可切入点。

细胞死亡领域元老级别的铁死亡、细胞焦亡、坏死性凋亡加上去年的大热门铜死亡，各种各样的生信分析数不胜数。双硫死亡作为这次的新晋成员，我们可以发挥的空间真的太多了，多到选择困难症都要犯了。不过各位放心，小编今天从易到难为大家整理各个水平的双硫死亡生信思路。

在这之前，先回顾整个文章的研究，从已有程序性死亡方式入手，使用抑制剂一一排除，再基于数据库或已有研究基础找到这种新型死亡方式的诱导因素，从而命名为“双硫死亡”。在对于这种新型死亡方式的机制探索中，通过组学手段进行关键分子或关键通路的筛选，最后基于已有的研究背景整合推测可能机制，进行分子机制的验证。回顾一下铜死亡就会发现，此次双硫死亡的研究手法与铜死亡的论文居然如此异曲同工。So，生信思路现成的研究案例这不就来了！

一

双硫死亡相关signature

当我们拿到一个基因集合的时候，最基础的思路就是基于这个基因集合进行筛选，并且构建一个signature。以铁死亡、细胞焦亡和铜死亡为例，最简单的便是构建预后signature。特点是速度快且直切重点，不到两个月就能轻松做出一个3-5水平的结果，运气好投到一个潜力股期刊的话，还能借势涨分噢。

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上述文章可以代表这个水平两个非常经典的思路，一是基于基因集合本身进行筛选和构建signature；二是先聚类识别不同的亚型，再选择不同亚型间特征构建signature。铜死亡已经就这么发了很多文章了。同样作为细胞死亡的双硫死亡，从数据层面来总结，就是换了个基因集合而已。

二

单细胞数据出发或者单细胞联合bulk RNA数据

生信文章目前已经很卷了，但是单细胞依然是文章除了热点方向之外很好的加分项。以铁死亡为例，单纯挖掘单细胞数据或者联合bulk RNA数据，已经能够轻松做到6-8的水平。只不过与前两个经典方式比起来，分析难度提升了不少，也更考验大家对于结果分析解读的功力。

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三

泛癌分析

针对某个基因集合的泛癌刻画现在已经趋于成熟了，基本上只要基因集合挑得恰当，连单细胞数据都不用加就能做到10以上。哪怕是小范围的泛癌也可以轻松做到5起底的水平。从下面这两篇文章我们可以看到，期刊和审稿人对这种形式还是非常愿意接收的。

IF: 13.994

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四

双硫死亡相关疾病分型

基于某个基因集合的分子分型可以很好的关联临床，同样是非常经典的思路。当然与思路一的区别在于分析内容相对较多，书写起来也相对复杂一点。不过如果结果很好的话，是有机会冲高分的。同样以铁死亡和细胞焦亡为例，我们可以看到两篇文章来自于同一个7分以上的杂志。说明这种XX相关疾病分型的方式完全可行，那我们换一个死亡方式基因集为什么不可以呢？

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五

非编码RNA

非编码RNA不用多说，之前为大家介绍的铁死亡lncRNA是能够发到Nature Communications的。不过目前针对从非编码RNA的角度切入，还是建议再等等，等到双硫死亡被研究的相对成熟的时候，再把非编码RNA拎出来，毕竟在初期可能不好找证据来证明其调控作用。

IF: 17.694

六

双硫死亡数据库

FerrDB这个数据库相信大家都知道，铁死亡研究利器，去年底已经V2版本已经正式上线。虽然现在双硫死亡的概念刚提出，但是如果想冲击一下19分的NAR，现在就可以开始收集文章了。不过这项工作周期较长，非常考验耐性噢~

结语

除了前面为大家整理的六个思路之外，其实想抓住双硫死亡这个点，还有非常多的角度，正如前文所说，留给我们的空间实在太多。而且目前很多思路都已经非常成熟，比的就是谁更快。就像别人还在品味原文研究思路的时候，我们已经快人一步梳理出了可以切入的研究角度了。不想错过这次机会的话，赶快扫码上车。

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撰稿 ▎CC

排版 ▎小北

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