染色质在空间上组织成不同层次的三维结构，包括 A/B 隔室、拓扑关联域和环。 典型的 CTCF 介导的环挤压模型可以解释环的形成。 然而，远距离染色质相互作用（例如 A-A 区室之间的相互作用）的组织机制仍然知之甚少。2022年6月29日，中山大学丁俊军及北京大学李程共同通讯（中山大学为第一单位）在Cell Research（IF=46）在线发表题为“CTCF organizes inter-A compartment interactions through RYBP-dependent phase separation”的研究论文，该研究表明与典型的循环挤压模型不同，RYBP 介导的 CTCF 相分离组织了 A 间室间的相互作用。 基于该模型，该研究设计并验证了胚胎干细胞（ESCs）中的诱导CTCF相分离系统，该系统促进了A区室间的相互作用，改善了ESCs的自我更新并抑制了它们向神经祖细胞的分化。 总之，这些发现支持 CTCF 在通过相分离组织长程染色质相互作用中的新颖和非规范作用。
染色质构象捕获技术表明，染色质在空间上组织成不同层次的三维 (3D) 结构，包括隔室（A 或 B）、拓扑关联域 (TAD) 和环。这些结构影响基因表达，并且经常在发育障碍和癌症中被破坏。环的粘连蛋白依赖性形成可以通过环挤压模型来解释，其中粘连蛋白环沿着 DNA 滑动，直到遇到与会聚定向的 CTCF 基序结合的 CTCF 蛋白。还观察到隔间之间的长程染色质相互作用与转录控制和细胞命运转变有关。转录活跃的 A 区室和转录沉默的 B 区室分别与其他 A 和 B 区室相互作用。细胞分化伴随着染色质结构的全局重组和区室之间长程染色质相互作用的变化。极远距离的启动子-启动子相互作用是在基态到引发态多能性转变期间建立的。然而，一般长程染色质相互作用的组织机制尚未得到很好的表征。该研究发现，除了组织“环”外，CTCF 还能够通过相分离行为组织 A 区室之间的长程染色质相互作用，而 RYBP 促进了 CTCF 的相分离。诱导的 CTCF 相分离维持胚胎干细胞 (ESC) 的自我更新，并抑制它们向神经祖细胞 (NPC) 的分化。总之，这些发现支持 CTCF 在通过相分离组织长程染色质相互作用中的新颖和非规范作用。https://www.nature.com/articles/s41422-022-00676-0![]()
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