单细胞分辨率的克隆结构解剖揭示了急性T淋巴细胞白血病(T-ALL)化疗耐药和复发的机制
章婧嫽 医生
中国医学科学院血液病医院(血液学研究所)儿童血液病诊疗中心 主治医师
2012-08 至 2017-07, 北京协和医学院, 内科学, 博士
2007-08 至 2012-07, 天津医科大学, 临床医学, 学士
2017-08 至今, 中国医学科学院血液病医院(中国医学科学院血液学研究所), 儿童血液病诊疗中心,主治医师
2018-10 至 2021-01, 美国圣裘德儿童研究医院(St. Jude Children's Research Hospital), 药理系,博士后
承担儿童骨髓衰竭及白血病相关基础及临床转化研究,承担国家自然科学基金青年基金1项,作为(共同)第一作者完成遗传性铁粒幼细胞性贫血发病机制(NUCLEIC ACIDS RESEARCH, 2017)及基因编辑治疗探索(Signal Transduction and Targeted Therapy, 2021)、儿童急性T淋巴细胞细胞白血病耐药机制及靶向治疗策略探索(Blood, 2018),儿童幼年型粒单核细胞白血病机制研究(Cellular Signalling, 2018),以及儿童急性B淋巴细胞白血病微小残留病单细胞转录组研究(Nature Cell Biology, 2022) 等工作
在本研究中,通过儿童初诊/复发配对的T-ALL患者的白血病细胞,对儿童T-ALL从初诊到复发阶段进行了从群体到单细胞的多组学研究。希望可以更全面地揭示T-ALL中白血病细胞的克隆演变规律。研究纳入了5对初诊到复发配对CD7+ T-ALL患儿。对患儿的骨髓单个核细胞进行全外显子组测序,发现了一些在儿童T-ALL中常见的突变基因,包括PTEN、FBXW7、NOTCH1以及EZH2等。其中一部分为复发特异性基因突变,例如与化疗耐药相关的PTEN和NT5C2。这些结果提示,复发T-ALL的白血病细胞在复发阶段存在耐药的克隆演变。
通过对转录组的差异基因进行分析,发现在复发阶段时,造血干细胞代谢调控机制相关的E2F、EGFR等信号通路出现特异性高表达。提示白血病细胞在复发阶段存在干祖细胞分化趋势。此外,还发现在这五对样本中几乎所有的复发T-ALL都特征性地出现了一些转录因子,例如ERG、ETV1、RUNX2。这些基因编码区域的染色质开放状态的改变,表明复发T-ALL存在异常的表观遗传学改变,且可能会参与化疗耐药和白血病的复发。随后,对初诊复发特异性亚群的转录特征进行分析,结果表明,初诊复发共有的亚群及其特征性的表达谱是化疗过程中持续存在的耐药克隆特征,且极有可能参与白血病的复发耐药。
此外,研究中还发现有四对样本的白血病细胞存在特征性的克隆性TCR表达。结合TCR克隆结构的解析发现,从初诊到复发的过程中,部分患者的白血病细胞主克隆结构发生了更替,部分患者的白血病细胞的克隆表达谱发生了漂移。本项研究对初诊到复发耐药配对的样本中的两种克隆结构的更迭进行了较为精密的追踪,为后续特异性耐药位点的探索,和更深入地揭示白血病的复发耐药机制和制定较为精准的治疗策略,提供了理论依据。
急性淋巴细胞白血病(ALL)是儿童最常见的恶性肿瘤,也是造成儿童死亡的主要恶性肿瘤之一。T-ALL占儿童ALL的10%-15%,与B-ALL相比,T-ALL由于缺乏预后良好的基因突变亚型,在生物学上呈现出高侵袭性,从临床表现上来讲,远期预后也显著更差。目前,与预后相关的以分子遗传学为依据的危险度分层,正在不断完善中。基于分子遗传学的分层治疗已使儿童T-ALL的长期生存率从既往的60%左右提高到了85%-90%。但仍有约10%-20%的患儿在接受化疗后出现难治或者复发。有关复发难治(R/R)T-ALL的二线治疗,目前仍缺乏明确有效的治疗策略。
目前针对R/R T-ALL患者的治疗手段仍然非常局限。正在进行的临床研究中,明确疗效的临床研究较少,这种现状直接导致了R/R T-ALL患儿远期预后不佳。目前已经报道的儿童T-ALL的主要遗传学异常包括与T细胞发育相关的癌基因的激活或抑癌基因的失活。主要的重现性遗传学异常包括,转录因子相关突变、信号通路激活相关突变、细胞周期相关调节因子的缺失、表观遗传调控相关的失活,以及非编码RNA或核糖体蛋白转录翻译相关的改变。尽管高通量测序技术已在儿童T-ALL领域得到了多维度的应用,但预后明确的T-ALL的分子分型较少。因此,深入挖掘并揭示各个类型的儿童T-ALL的分子遗传学以及表观遗传学的异常,有助于加深对疾病发生发展的理解。完善T-ALL的疾病分子图谱相关的生物学研究,同时精准地开发替代治疗的方法以及治疗靶点,是目前临床研究需求指引下亟待解决的科学问题。
此次EHA大会上报告的研究(Abstract P349)对儿童初诊复发配对T-ALL进行了从整体到个体、从宏观到微观、从群体到单细胞的多组学研究。章婧嫽医生表示,希望这项研究展示的结果能够更加充分地剖析T-ALL患儿的克隆复杂性和异质性,并为靶向联合化疗的临床研究策略的制定提供较为精准的理论依据。
单细胞测序在血液学领域应用十分广泛。目前采用单细胞测序技术的相关研究,包括正常造血发育相关研究、血细胞组分图谱的绘制、血液免疫相关的研究和血液疾病相关的研究。根据研究目的的不同,采用不同的技术手段。在血液系统恶性肿瘤中,单细胞测序的主要应用范围包括,血液系统恶性肿瘤结构异质性的剖析、肿瘤免疫微环境相关和肿瘤克隆演变的时序性的追踪等。克隆演变规律的追踪是探索异质性ALL耐药克隆结构更迭以及探索白血病耐药机制的关键研究策略。既往对克隆演变规律的研究都来源于白血病群体测序的分析推断。单细胞测序技术让研究者们可以更直观地追踪白血病细胞在单细胞水平上的演变,是克隆演变分析中强有力的工具。
在基因组层面上,目前已有很多团队先后完成了基于已知突变位点的单细胞基因组测序,并通过连续时间点的样本进行了克隆演变的追踪,寻找到了一些包括急性髓系白血病(AML)和T-ALL治疗过程中参与耐药相关机制的突变基因,为临床相关性的验证以及个体化的精准治疗提供了方法学基础。此外,单细胞测序技术的出现解决了基因组克隆演变分析中存在的局限性,为多维度克隆演变分析提供了技术支撑。
幼年型粒单核细胞白血病(JMML)的自然病程
杨文钰 医生
中国医学科学院血液病医院(血液学研究所)儿童血液病诊疗中心 主任医师
中华医学会儿科学分会肿瘤学组委员
中国输血协会细胞治疗专业委员会委员
国家儿童医学中心血液肿瘤专科联盟委员
天津医学会儿科学分会血液学组委员
天津血液与再生医学会理事
《国际儿科学杂志》通讯编委
《中国小儿血液与肿瘤》编委
承担多项国家及部级科研及临床课题
发表SCI及国家核心期刊文章数篇
JMML是儿童中非常罕见的一种恶性疾病,常常发生在两岁以内婴幼儿中,疾病进展快且预后极差。JMML具有独特的临床表现,如脾脏增大、白细胞增高以及血常规异常。目前,国内外有关JMML的研究正在开展之中,但治疗现状不容乐观。近几年来,出现了一些有关JMML的新的治疗方案,比如去甲基化药物治疗。但仅有部分患儿获益,绝大部分的患儿仍需要进行造血干细胞移植,移植后约有60%-70%的患儿获得缓解,但仍有35%-40%患儿疾病进展或复发。从2008年至今,中国医学科学院血液病医院(血液学研究所)儿童血液病诊疗中心一直在关注JMML,也做了很多有关JMML的基础研究以及临床药物试验。期待未来能有好的研究结果,提高这部分患者的疗效和生存质量。
此次EHA大会上报告的研究(Abstract P1072)主要对JMML自然病程和预后相关因素进行了探究。为什么会想到要开展一项有关JMML自然病程的研究呢?杨文钰医生回答道:“其实就像前面所说到的,JMML疗效非常差,且发病年龄都非常的小。自2008年以来,在接诊的JMML患儿中,有近一半的患儿家属在得知JMML预后很差后,选择了放弃治疗。这让我们有机会观察到未经治疗JMML患儿的疾病转归,并对其自然病程进行了探究。”
该研究结果表明,如果不进行药物干预,患儿的整体预后差,44例未接受治疗的患儿5年总生存率仅为40%。该研究进一步证实此类疾病若不接受治疗,大部分患儿预后极差。并且得出初诊时血小板计数、抗碱血红蛋白增高和脾脏大小都与患儿的预后密切相关。此外,脾脏大小>肋下5cm,为患儿的预后不良因素之一。随着医学的不断发展,相信会有越来越多的药物应用于JMML的治疗。通过药物治疗,可以稳定患儿病情,甚至使其获得部分缓解,从而为顺利进行造血干细胞移植奠定良好的基础,这也是目前JMML患儿的主要治疗策略。
在目前有关JMML的研究中,大多都针对JMML患儿的预后因素进行探究。目的是为了在诊断初期对患儿进行精确危险度分层,分辨出高危患儿并尽早给予针对性治疗。这是目前JMML个体化治疗研究的宗旨之一,也是本研究的主要目标。杨文钰医生表示,JMML的预后分层乃至疾病转归,对于提高疾病的预后非常重要。对于高危患儿,应尽早稳定病情并进行造血干细胞移植。对于低中危患儿,应先给予药物干预,避免病情进一步进展。
148例中国范可尼贫血(FA)患儿临床特征及基因突变分析
常丽贤 医生
中国医学科学院血液病医院(血液学研究所)儿童血液病诊疗中心 副主任医师
儿童骨髓衰竭性疾病协作组秘书长
天津市罕见病协会青年委员
天津市罕见病诊疗协作网溶酶体贮积症诊疗协助组专家委员会组员
细胞因子与疾病联盟组员
中国生物工程学会干细胞工程技术分会会员
致力于儿童骨髓衰竭性疾病的临床诊疗及基础研究工作,目前承担并完成国家自然科学基金青年项目1项、中国医学科学院院级课题分课题1项;主要参与和完成国家自然科学基金面上项目3项、国家重点研发计划1项、国家创新工程项目1项
FA是一种罕见的先天性骨髓衰竭性疾病,目前报道的有23种基因型。主要诊断依据为:临床表现、家族史、患儿细胞对丝裂霉素C等DNA交联剂异常敏感(可通过染色体断裂实验验证)以及二代测序结果发现相关基因的突变。实际上,临床中约有25%的患儿由于存在嵌合体,出现染色体断裂实验假阴性的结果。因此,FA的诊断要综合分析患者的多种临床表现和实验室结果。
目前,FA的主要治疗手段为同胞全相合造血干细胞移植。但在造血干细胞移植后,患儿发生肿瘤的概率明显升高,故造血干细胞移植的时机也是目前需要统一的临床治疗问题。在国外,已建立了针对FA突变基因位点的数据库。部分研究表明,某一种亚型的FA患者更容易进展为实体肿瘤或AML。此外,即使是同一种亚型的FA患者,不同的突变位点临床意义也不同。在亚洲,目前日本报道的FA患者病例数最多,相关研究描述了最常见的FA突变亚型和突变位点,且对突变位点与临床预后的关系进行了初步的探究。然而,由于FA相关突变基因种类多,且每个基因突变位点的异质性高,再加上种族的差异,所以有关中国FA患者突变基因位点的探究,亟需中国学者发现和总结。
这项回顾性研究的主要研究对象是2003年10月至2021年10月,来自全国20个省,就诊于中国医学科学院血液病医院的148例FA患者资料进行了分析。这些患者均通过临床表现、家族史、丝裂霉素C诱导的染色体断裂实验、二代测序、MLPA方法、全外显子测序方法进行诊断。研究通过分析患者临床资料阐述了FA患者常见畸形、家族史,并对105例有基因分型结果的患者进行基因型、突变位点和临床特征的关联分析,结果显示:
FANCA型是最常见FA亚型,其次为FAND2、FANCP及FANCI型,这与韩国和日本的既往报道不一致;
FANCA型患儿常见的畸形是手指和皮肤的畸形,而心脏的畸形多见于FA-D2/B/G/I/P型患儿中;
此项研究首次绘制了各个基因常见突变位点及相关蛋白位置:FANCA常见的突变位点是exon23c.2101A>G、exon28c.2778+1G>A、exon34c.3348+1G>A、exon21c.1844delC 和exon30 C2941T>G,这与韩国和日本报道的不一致;
FANCA exon32 c.3188G>A 和 exon29 c.2851C>T 纯合突变的FA患儿病情较稳定,但exon29 c.2852+1G>T剪接突变的患儿临床预后差;
FANCD1剪切突变的患者临床预后差,但exon10 c. 1792A>G纯合突变的患儿病情稳定;
进展为MDS或易发生疾病进展的患儿基因型多为FA-B/C/E/G/J/L/M和FA-S型;
1、3、7和8号染色体异常和SF3B1、P53突变与疾病进展有关。
此次EHA大会上报告的研究(Abstract P814)是我国目前最大宗FA病例分析研究报告,对突变位点和临床预后做了初步关联分析,并提出携带非FA基因对临床预后的影响。
通过这项研究,首先对我国FA患儿的突变类型有了初步的认识,研究结果中发现的突变基因位点与预后的关系,可以指导临床医生,在遇到与临床预后差且是相同位点突变的患者时,可以在早期指导患者进行积极治疗,如同胞全相合造血干细胞移植。对于携带有SF3B1、P53突变的患者,应注意密切监测患者的临床进展情况,适当缩短骨髓的复查间隔时间。由于我国人口基数大,单中心的数据存在一定的局限性,所以如果想要获得更加详细和准确的数据,在未来还需要进行多中心合作研究。
儿童血液病种类繁多,先天性、难治性血液病是我们重点关注的研究方向。此次EHA大会,我们以儿童T-ALL、JMML及FA三类疾病为代表,分别对这三类疾病的复发和耐药机制、自然病程及临床特征和基因突变进行了探究,旨在了解我国本领域疾病的研究现状。我们将这些研究结果呈现给国际同行,期待领域内专家同道共同关注儿童难治、罕见血液病,并在未来的治疗中获得不断突破。
竺晓凡 教授
教授、主任医师、博士研究生导师
中国医学科学院血液病医院(血液学研究所)儿童血液病诊疗中心主任
中国抗癌协会小儿血液肿瘤专业委员会副主委
天津市医学会儿科分会血液学组主委
天津市小儿肿瘤专业委员会副主委
《中华儿科杂志》、《中华血液学杂志》、《中国当代儿科杂志》、《中国实用儿科杂志》、《国际儿科学杂志》等杂志编委。
承担国家级及省部级课题多项。荣获天津市自然科学一等奖、天津市科技进步三等奖、五洲女子科技奖、宋庆龄儿科医学奖等奖项。
发表论文百余篇,近五年以第一作者、通讯作者在《Nature Genetics》、《JAMA Oncology》、《Nucleic Acids Research》、《Blood》、《BMC Med Genomics》及《Experimental Hematology》等发表论文多篇
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