不会预测靶基因的小白--送给你microRNA预测的干货

1．进入主页，网址http://www.microrna.org/

microrna/home.do。点击miRNA，可以预测相应靶基因。点击Target mRNA,可以输入基因名称预测可能结合microRNA。比如输入microRNA名称has-mir-21,选择物种，homo sapiens。

2.进入可看到如下界面，选择view targets，查看靶基因列表。

3. 以下便是has-mir-21可能作用的靶基因。

4．点击第一个基因 CLCA3P后alignment details，可以查看has-mir-21与CLCA3P的结合位点。

5. 不仅如此，网站还列出了与CLCA3P基因不同位置可能结合的其他microRNA。

1.进入主页，网址：http://www.mirdb.org/。网站既可以预测microRNA靶基因，也可以通过基因预测可能结合的microRNA。比如输入microRNA名称，has-mir-21,选择物种，human。

2.选择has-mir-21-3P targets。mirna前体会产生两条互补的有功能的成熟mirna,他们分别靶向不同的位点，即5p与3p的种子序列是不同的。

3. 以下便是has-mir-21可能作用的靶基因,共485个。遗憾的是，网站不提供预测基因下载，只能手动复制到excel表格。

 1.进入主页，网址：http://www.targetscan.

org/vert_71/选择查询物种，输入 mir-21名称。

2.进入查询结果页面，可以看到预测的靶基因列表。同时，可以查询到miRNA与靶基因可能结合位点。

3.点击Download table,下载靶基因预测列表。

1. 网址：

http://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/index.html

2.在列表中，输入基因名称（建议输入基因全称）。然后维恩图自动绘制完成，点击交集中数字，可以在Result中，查看集合中详细的基因名称。

最后呢，是视频版教程。希望对大家有所帮助。

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