Reads N50 100Kb，Contig N50超220Mb！纯Ultra long reads组装基因组，真香！
基于Nanopore平台的Ultra long测序能够产生N50超过100Kb的超长数据，能够轻松跨越基因组中连续重复或大片段重复区域。在基因组组装过程中加入适量 Ultra long 数据，可显著提升基因组组装质量。那么采用纯Ultra long reads组装基因组能够达到什么样的效果呢？
希望组科技服务自去年8月实现单张芯片测序读长N50突破100Kb以来，已经完成了多个不同物种、不同大小基因组的纯Ultra long reads组装。下面组学君就通过两个实际项目案例给大家展示纯Ultra long reads组装基因组的结果吧~
| 案例一 10Gb基因组纯Ultra long reads组装 | |
|---|---|
| 物种 | 某单子叶植物 |
| 基因组大小 | 约10Gb |
| 超长测序数据产出 | 约1200Gb |
| 平均读长N50 | 51.9Kb |
| 最长单Cell reads N50 | 143.3Kb |
| 组装、校正软件 | NextDenovo、NextPolish |
| 组装连续性 | Contig N50=93Mb |
| 组装完整性 | BUSCO评估97.75% |
| 组装准确性 | 二代数据比对率99.75%， 单碱基准确度超99.99% |
某基因组大小约10Gb的单子叶植物，采用平均N50超过50Kb的Ultra long数据，利用NextDenovo对进行纯Ultra long reads组装。随后依次使用原始三代数据和二代数据应用Nextpolish软件对基因组进行校正，得到校正后的基因组（Polish Genome）。最终组装基因组大小为10.76Gb，contig N50 达到了93.26Mb！基因组组装完整性评估BUSCO达到97.75%，准确性评估二代数据比对率为99.75%！
案例一 纯Ultra long reads组装结果
大型动植物基因组往往高重复，或多倍体或发生过多倍化事件，导致其从头测序和序列组装成为世界性难题。案例一表明采用纯Ultra long reads数据组装大型基因组，能够获得高连续性、高完整性和高准确性的基因组，是解决大型基因组组装难题的利器！
| 案例二 Reads N50 ＞100Kb，Contig N50 ＞200Mb! | |
|---|---|
| 物种 | 某植物 |
| 基因组大小 | 约2Gb |
| 超长测序数据产出 | 约600Gb |
| 最长单Cell reads N50 | 129.3Kb |
| 用于组装reads N50 | 大于100Kb |
| 组装、校正软件 | NextDenovo、NextPolish |
| 组装连续性 | Contig N50=220.12Mb |
| 组装完整性 | BUSCO评估95.29% |
| 组装准确性 | 二代数据比对率95.27%， 单碱基准确度99.9989% |
选取纯超长且过滤使得N50大于100Kb的数据，利用NextDenovo进行纯Ultra long reads组装。依次使用原始三代数据和二代数据应用Nextpolish软件对基因组进行校正，校正后的基因组大小为2.15Gb，仅有47条Contig，Contig N50达到惊人的220.12Mb！BUSCO评估显示在该组装中可以找到约95.29%的完整基因元件，反映组装结果真实可靠。进行基因组单碱基错误率的统计，该组装基因组的单碱基准确率在99.9989%以上！
案例二纯Ultra long reads组装结果
希望组科技服务自2017年底正式推出ONT Ultra long测序服务，多年的技术积累迎来实力的爆发，目前已经能够稳定产出高质量的Ultra long测序数据，多个纯Ultra long Reads组装项目已成功交付。第一批吃螃蟹的人已经心满意足而去，还不抓紧时机赶快上车!
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