Nature子刊：监测基因拷贝数变化，提前十年预测食管癌进展

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癌症的早期诊断是改善癌症患者存活率并减少与治疗相关的副作用的最佳策略之一。但是，这种策略也存在过度治疗的风险。因此，需要早期癌症进展的准确生物标志物来对患者进行分层。

癌症中常见基因拷贝数改变，而这种改变在正常细胞中很少见，因此引发了对于拷贝数改变能否用于癌症早期诊断的讨论。

食管癌（EC）是全球第七大最常见癌症，也是导致癌症死亡的第六大原因，据2018年全球癌症统计数据，中国每年有477900例食管癌新增病例和375000例食管癌死亡病例。食管癌主要分为食管鳞状细胞癌（ESCC）和食管腺癌（EAC），其中食管腺癌预后较差，5年生存率低于20%。

食管腺癌的肿瘤前体病变为巴雷特食管（Barrett’s esophagus，BE），但巴雷特食管患者发展为食管腺癌的风险并不高，每年仅0.3%。

许多对食管腺癌和巴雷特食管的风险评估的研究聚焦在单个生物标志物分子，如P53基因及DNA甲基化等等，然而，食管腺癌和巴雷特食管中突变发生频率很低，因此很难找到能够用于鉴定疾病进展的生物标志物。

实际上，食管腺癌和巴雷特食管的特征是早期频繁的基因拷贝数和基因组结构的不稳定性。这种不稳定很大程度上会导致基因拷贝数增加。

日前，最新一期的 Nature Medicine 杂志在线发表了来自英国剑桥大学和欧洲分子生物学实验室的题为：Genomic copy number predicts esophageal cancer years before transformation 的研究论文。该研究曾于2020年2月28日，提前在预印本bioRxiv上线。

该研究对88位巴雷特食管患者进行了长达15年的抽样研究，对777个活检进行了浅层全基因组测序分析，结果表明，即使在出现组织病理学转化之前10年，基因拷贝数的改变也可以将疾病进展与疾病稳定区分开来。

此外，这种检测方法价格低廉，与当前基于组织病理学和临床表现的指南相比，基于基因拷贝数变化的分类，可以对高危患者进行早期治疗，并能够减少那些不太可能患食管癌的患者的检测和不必要的治疗。

该研究对88位巴雷特食管患者进行了长期跟踪，监测其基因拷贝数改变情况，这些患者均始于非增生性巴雷特食管（NDBE），非进展型（NP）患者至少需要随访3年，进展者（P）至少接受了1年的随访。最终43名患者为非进展型，45名患者为进展型。

这项研究提供了充分的证据，表明基因拷贝数变化可以预测未来的癌症风险，具有实际应用价值，即使在没有出现可观察到的组织病理学改变之前，通过检测基因拷贝数的改变，也可以将疾病进展与疾病稳定区分开来。

更重要的是，这种检测方法价格低廉，与当前基于组织病理学和临床表现的指南相比，基于基因拷贝数变化的分类，可以对高危患者进行早期治疗，并能够减少那些不太可能患食管癌的患者的检测和不必要的治疗。

总的来说，该研究对88位巴雷特食管患者进行了长达15年的抽样研究，对777个活检进行了浅层全基因组测序分析，结果表明，即使在出现组织病理学转化之前10年，基因拷贝数的改变也可以将疾病进展与疾病稳定区分开来。

此外，这种检测方法价格低廉，可通过基因拷贝数变化对患者进行分层，可以对高危患者进行早期治疗，减少那些不太可能患食管癌的患者的监测，还能够减少那些疾病进展稳定的患者的过度治疗。

同时，研究团队也表示，该研究虽然提供了充分的证据，但该研究受到患者队列相对较少的限制，因此还需要包括更多纵向基因组数据的研究，来改善该模型的敏感性和特异性。

论文链接：

https://www.nature.com/articles/s41591-020-1033-y

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