如何得到某个基因的互做网络
如何得到某个基因的互做网络
一、网站介绍
给大家介绍一个网站，这个网站主要是来研究蛋白互做的。以前做网络都是利用cytoscape来展示和深入挖掘。这个STRING网站可以用已有的蛋白互做数据库，类似人的HPRD数据库。一般情况下我们只需输入一个基因或者几个基因，然后就可以得到和这个基因相关的网络和通路。
二、基本操作
百度搜索“STRING”，打开网站主页如下。你可以注册下将自己的数据上传进行存贮和分析。
本篇主要介绍如何得到一个基因的相关网络。
点击“SEARCH”
得到如下界面，这个通常利用的蛋白的名字，或者有序列的话，利用序列也可以。
物种也有进行选择，以人的ADAM33基因为例。
结果如下
从上面的图展示中，可以看到有哪些基因和ADAM33基因存在互做关系。
用鼠标点击每个节点，会得到关于这个基因更为详细的介绍。
每个基因的相关的功能展示。
对于结果的微调可以通过Data Settings 和View Settings 进行调整。
点击表格输出，可以得到类似HPRD的两两互做的表格，也可以下载得到刚才的蛋白互做网络图。一般建议下载Svg格式的，这个格式是矢量图，高保真。
点击分析按钮，可以得到这些基因相关的一些富集分析。
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