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化脓性链球菌Cas9(SpCas9)广泛用于基因组编辑,并且需要NGG作为protospacer间隔区相邻基序(PAM),但是就在2018年12月11日这个规则被打破。
日本横滨市立大学Seiichi Toki团队在Nature Plants在线发表题为“Genome editing in plants by engineered CRISPR–Cas9 recognizing NG PAM”的研究论文,该论文使用工程化的SpCas9(SpCas9-NGv1)可以在水稻和拟南芥基因组中用NG PAM有效诱变内源靶位点。 此外,该研究还证明与胞苷脱氨酶融合的SpCas9-NGv1切口酶介导靶序列5'末端附近的C-to-T替换。SpCas9-NGv1的应用可扩大众多基于CRISPR-Cas9的应用范围,如胞苷和腺嘌呤碱基编辑,这进一步推动了CRISPR技术的应用。
CRISPR 是保护细菌及古生菌抵御外援DNA或RNA入侵的一种获得性免疫系统。为了启动免疫作用,Cas9s会整合外源侵入的DNA到宿主基因组的CRISPR基因座上,当外源DNA再次入侵时,CRISPR系统会以整合的DNA作为模板转录RNA,这些RNA可以介导Cas核酸酶切割外源感染的DNA。 CRISPR系统可以分为好几类,但是类型2系统只需要一个Cas蛋白用于切割外源的DNA或RNA,因而最容易在生物体里面操作应用,包括很经典的CRISPR-Cas9系统 。CRISPR-Cas 9可以分为三个亚类,相对于比较罕见的 IIB型,IIA型 及IIC型更常见。改造过的CRISPR-Cas9系统已经在动物,植物,真菌,细菌里面被广泛的应用。
OsNGN1 sgRNA的靶向和脱靶位点检测
CRISPR)-Cas9能够在多种生物中进行有效的基因组编辑。 Cas9可以通过sgRNA(与靶protospacer互补的序列)的介导下起作用,但也需要与靶序列相邻的PAM基序。化脓性链球菌Cas9(SpCas9)是迄今为止最强大且最广泛使用的Cas9,主要识别NGG PAM,因此仅限于具有该基序的靶位点。解决这些靶向范围限制的一个潜在解决方案是设计具有改变的PAM特异性的Cas9变体。最近,Nishimasu等人报道了工程化的SpCas9变体,包括R1335A / L1111R / D1135V / G1218R / E1219F / A1322R / T1337R变体(在本研究中称为SpCas9-NGv1),它们更有效地识别松弛的NG PAM。 xCas9变体并在人细胞中用NG PAM在靶位点诱导突变。
nSpCas9-NGv1-AID的应用
该研究表明,工程化的SpCas9(SpCas9-NGv1)可以在水稻和拟南芥基因组中用NG PAM有效诱变内源靶位点。 此外,该研究还证明与胞苷脱氨酶融合的SpCas9-NGv1切口酶介导靶序列5'末端附近的C-to-T替换。SpCas9-NGv1的应用可扩大众多基于CRISPR-Cas9的应用范围,如胞苷和腺嘌呤碱基编辑,这进一步推动了CRISPR技术的应用。
原文链接:
https://www.nature.com/articles/s41477-018-0321-8
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