Bioconductor 中的 R 包安装教程
Bioconductor 是一个基于 R 语言的生物信息软件包，主要用于生物数据的注释、分析、统计、以及可视化 （http://www.bioconductor.org ）。
总所周知，Bioconductor 是和 R 版本绑定的，这是为了确保用户不把包安装在错误的版本上。Bioconductor 发行版每年更新两次，它在任何时候都有一个发行版本（release version），对应于 R 的发行版本。此外，Bioconductor 还有一个开发版本（development version），它对应于 R 的开发版本。
R 每年（通常是 4 月中旬）在 ‘x.y.z’ 中发布一个 ‘.y’ 版本，但 Bioconductor 每 6 个月（4 月中旬和 10 月中旬）发布一个 ‘.y’ 版本。
Bioconductor 与 R 各自对应的版本如下：（参考：Bioconductor releases）
biocLite
在 R==3.5（Bioconductor-3.7 前，Bioconductor 都是通过 biocLite 安装相关的 R 包：
source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite(pkg_name)
但是，从 R-3.5（Bioconductor-3.8）起，Bioconductor 更改了 R 包的安装方式：它们通过发布在 CRAN 的 BiocManager 包来对 Bioconductor 的包进行安装和管理——通过 CRAN 安装 BiocManager，再通过这个包来安装 Bioconductor 的包。
BiocManager
安装 BiocManager 包
chooseCRANmirror()
install.packages("BiocManager")
安装 Bioconductor (or CRAN) 的 R 包
BiocManager::install(c("GenomicRanges", "Organism.dplyr"))
更新所有已经安装的 R 包到最新版本
BiocManager::install()
查看 Bioconductor 的版本
BiocManager::version()
## '3.8'
旧和意外版本的 R 包
当 Bioconductor 的包都来自同一版本时，它们的效果最佳。 使用 valid() 来查看过期（out-of-date）或意外版本（unexpected versions）的 R 包。
BiocManager::valid()
## Warning: 21 packages out-of-date; 2 packages too new
##
## * sessionInfo()
##
## R Under development (unstable) (2018-11-02 r75540)
## Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
## Running under: Ubuntu 18.04.1 LTS
##
## Matrix products: default
## BLAS: /usr/lib/x86_64-linux-gnu/blas/libblas.so.3.7.1
## LAPACK: /usr/lib/x86_64-linux-gnu/lapack/liblapack.so.3.7.1
##
## locale:
## [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8 LC_NUMERIC=C
## [3] LC_TIME=en_US.UTF-8 LC_COLLATE=C
## [5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8 LC_MESSAGES=en_US.UTF-8
## [7] LC_PAPER=en_US.UTF-8 LC_NAME=C
## [9] LC_ADDRESS=C LC_TELEPHONE=C
## [11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C
##
## attached base packages:
## [1] stats graphics grDevices utils datasets methods base
##
## other attached packages:
## [1] BiocStyle_2.11.0
##
## loaded via a namespace (and not attached):
## [1] Rcpp_1.0.0 bookdown_0.7 digest_0.6.18
## [4] rprojroot_1.3-2 backports_1.1.2 magrittr_1.5
## [7] evaluate_0.12 stringi_1.2.4 rmarkdown_1.10
## [10] tools_3.6.0 stringr_1.3.1 xfun_0.4
## [13] yaml_2.2.0 compiler_3.6.0 BiocManager_1.30.4
## [16] htmltools_0.3.6 knitr_1.20
##
## Bioconductor version '3.9'
##
## * 21 packages out-of-date
## * 2 packages too new
##
## create a valid installation with
##
## BiocManager::install(c(
## "BiocManager", "GenomicDataCommons", "GenomicRanges", "IRanges",
## "RJSONIO", "RcppArmadillo", "S4Vectors", "TCGAbiolinks", "TCGAutils",
## "TMB", "biocViews", "biomaRt", "bumphunter", "curatedMetagenomicData",
## "dimRed", "dplyr", "flowCore", "ggpubr", "ggtree", "lme4", "rcmdcheck",
## "shinyFiles", "tximportData"
## ), update = TRUE, ask = FALSE)
##
## more details: BiocManager::valid()$too_new, BiocManager::valid()$out_of_date
valid() 返回一个对象，可以查询该对象以获取有关无效包的详细信息：
> v <- valid()
Warning message:
6 packages out-of-date; 0 packages too new
> names(v)
[1] "out_of_date" "too_new"
> head(v$out_of_date, 2)
Package LibPath
bit "bit" "/home/shenweiyan/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.5-Bioc-3.8"
ff "ff" "/home/shenweiyan/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.5-Bioc-3.8"
Installed Built ReposVer Repository
bit "1.1-12" "3.5.0" "1.1-13" "https://cran.rstudio.com/src/contrib"
ff "2.2-13" "3.5.0" "2.2-14" "https://cran.rstudio.com/src/contrib"
>
适用的 R 包
可以使用 available() 发现适用于我们的 Bioconductor 版本的软件包; 第一个参数是可用于根据正则表达式过滤包名称，例如，可用于 Homo sapiens 的 ‘BSgenome’ 包：
avail <- BiocManager::available()
length(avail)
## [1] 16261
BiocManager::available("BSgenome.Hsapiens")
## [1] "BSgenome.Hsapiens.1000genomes.hs37d5"
## [2] "BSgenome.Hsapiens.NCBI.GRCh38"
## [3] "BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg17"
## [4] "BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg17.masked"
## [5] "BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg18"
## [6] "BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg18.masked"
## [7] "BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19"
## [8] "BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19.masked"
## [9] "BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38"
## [10] "BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38.masked"
Bioconductor 中安装旧版本的 R 包
对于 R >= 3.5，Bioconductor-3.8 可以使用 BiocManager 安装相关与版本匹配的 R 包。那么使用 3.5 以下 R 版本的用户是继续使用 biocLite，还是 BiocManager，还是其他的方法安装匹配相关版本的 R 包呢？
首先，biocLite 和 BiocManager 不适用 R < 3.5。
> source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
Bioconductor version 3.6 (BiocInstaller 1.28.0), ?biocLite for help
A new version of Bioconductor is available after installing the most recent
version of R; see http://bioconductor.org/install
> biocLite("clusterProfile")
......
Warning message:
package ‘clusterProfile’ is not available (for R version 3.4.3)
> chooseCRANmirror()
> install.packages("BiocManager")
Warning message:
package ‘BiocManager’ is not available (for R version 3.4.3)
>
其次，对于 R < 3.5.0，Bioconductor 推荐使用以下命令安装相应的 R 包。
source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
BiocInstaller::biocLite(c("GenomicFeatures", "AnnotationDbi"))
Bioconductor 安装旧版本 clusterProfiler
在 Aanconda2 环境 R==3.4.3 中安装 clusterProfiler，发现 package ‘clusterProfile’ is not available (for R version 3.4.3)。
> source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
Bioconductor version 3.6 (BiocInstaller 1.28.0), ?biocLite for help
A new version of Bioconductor is available after installing the most recent
version of R; see http://bioconductor.org/install
> biocLite("clusterProfile")
BioC_mirror: https://bioconductor.org
Using Bioconductor 3.6 (BiocInstaller 1.28.0), R 3.4.3 (2017-11-30).
Installing package(s) ‘clusterProfile’
Old packages: 'ade4', 'ape', 'backports', 'caret', ......
Update all/some/none? [a/s/n]: n
Warning message:
package ‘clusterProfile’ is not available (for R version 3.4.3)
使用 BiocInstaller 安装 clusterProfiler：
> source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
Bioconductor version 3.6 (BiocInstaller 1.28.0), ?biocLite for help
A new version of Bioconductor is available after installing the most recent
version of R; see http://bioconductor.org/install
> BiocInstaller::biocLite("clusterProfiler")
BioC_mirror: https://bioconductor.org
Using Bioconductor 3.6 (BiocInstaller 1.28.0), R 3.4.3 (2017-11-30).
Installing package(s) ‘clusterProfiler’
trying URL 'https://bioconductor.org/packages/3.6/bioc/src/contrib/clusterProfiler_3.6.0.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 4478098 bytes (4.3 MB)
==================================================
downloaded 4.3 MB
* installing *source* package ‘clusterProfiler’ ...
** R
** data
** inst
** byte-compile and prepare package for lazy loading
** help
*** installing help indices
** building package indices
** installing vignettes
** testing if installed package can be loaded
* DONE (clusterProfiler)
> packageVersion('clusterProfiler')
[1] ‘3.6.0’
2019年，遇见更好的自己