Nextomics 硬核：ONT超长单Cell Reads N50突破100Kb！基因组测序“5G”时代来临！
最近，社交网络上被5G信号覆盖地图刷屏了，前段时间一条5G网速测评视频也火爆网络。
在北京邮电大学何同学的测评视频中，5G网络的下载速度是4G的十倍，下载两百多首极高品质的音乐，几乎是瞬间完成下载！什么是速度，这就是！
测序技术与通信技术的发展历程有相似之处，测序读长从二代测序150-300bp的短读长，逐渐提升到PacBio平台、Nanopore平台普通文库的reads N50几十Kb的长读长，就像通信技术从2G发展到4G。而测序读长的升级极大提升了基因组组装效率和质量，一些重要物种，尤其是一些基因组较大的复杂基因组得以破译（四倍体花生[1]、小麦[2]）。ONT Ultra-long的读长相比ONT 普通文库和PacBio提升了数倍，能够有效跨越基因组中上百Kb的大片段重复，在DXZ1 Satellite标记辅助情况下甚至能跨越2.8Mb的着丝粒区域[3]！
基因组测序“5G”时代来临
自1977第一代DNA测序技术（Sanger法和化学降解法）发展至今四十多年时间，测序技术取得了相当大的发展，成百上千个物种的基因组被测序组装，但至今没有一个真正意义上的真核生物基因组完成图。最主要的原因是，基因组中重复序列太长（尤其是着丝粒和端粒区域），而测序reads太短。
未来组ONT Ultra-long 单Cell reads N50突破100Kb！
要实现基因组完成图的组装，充足的超长测序数据是必不可少的。经过实验手段优化和研发，未来组近期对某动物培养细胞和人血液进行ONT Ultra-long测序，单Cell reads N50均突破100Kb！什么是超长？这就是！
8月27日我们在社交网络公布这一消息之后，获得了广泛的关注，Karen Miga立刻转推了此消息。Karen Miga团队用于构建人类X染色体完成图的Ultra-long reads N50约为70Kb，在初步组装中X染色体有两个超过200Kb的片段重复断点，假如将用于组装的数据reads N50提升至100Kb，就有可能直接将除着丝粒区域以外的X染色体全部组装！
未来组ONT Ultra-long案例
未来组对三代测序的应用和服务一直走在行业前列，2017年底在国内率先推出ONT Ultra-long测序服务，各种动植物物种的ONT Ultra-long测序经验丰富，下面就一起来看一下未来组ONT Ultra-long测序案（实）例（力）吧！
某作物组装过程中加入18×超长数据后Contig N50提升了6.3倍，而某树木加入13×超长数据后Contig N50提升了2.08倍！
不同物种Ultra-Long组装案例
参考文献：
[1] Zhuang W, Chen H, Yang M, et al. The genome of cultivated peanut provides insight into legume karyotypes, polyploid evolution and crop domestication[J]. Nature genetics, 2019, 51(5): 865.
[2] Appels R, Eversole K, Feuillet C, et al. Shifting the limits in wheat research and breeding using a fully annotated reference genome[J]. Science, 2018, 361(6403): eaar7191.
[3] Miga K H, Koren S, Rhie A, et al. Telomere-to-telomere assembly of a complete human X chromosome[J]. BioRxiv, 2019: 735928.
[4] Jain M, Koren S, Miga K H, et al. Nanopore sequencing and assembly of a human genome with ultra-long reads[J]. Nature Biotechnology, 2018, 36(4).