NG发文质疑之前NG八倍体草莓文章结论，草莓祖先之谜到底如何？原作者发NG回复！

该研究选用了世界上最广泛种植的草莓品种之一'Camarosa'为样本，通过对基因组进行测序，获得高质量的参考基因组。之后该研究通过演化分析得到，森林草莓（Fragaria vesca）、 饭沼草莓（Fragaria iinumae）以及此前未知的绿色草莓（Fragaria viridis）和日本草莓（Fragaria nipponica）是草莓四个二倍体祖先种。并且分析得到六倍体种F. moschata可能是二倍体和野生八倍体物种之间的进化中间产物，其六倍体的三个亚基因组对应于三个亚洲二倍体祖先（如下图）。另一方面，该研究分析结合现存种的地理分布表明，八倍体草莓起源于北美。

原文链接：

https://www.nature.com/articles/s41588-019-0356-4.pdf

然而，在2019年12月16日，Nature Genetics在线发表来自美国俄勒冈州立大学的Aaron Liston及合作者发表题为“Revisiting the origin of octoploid strawberry”的文章，该文章通过对上篇文章的测序数据重新分析后，其结果仅支持上文所说四个二倍体祖先种中的两个二倍体祖先种，并且也没有找到任何支持六倍体种F. moschata作为直接祖先的证据！因此，该文否认了上文关于草莓祖先种的研究结论！

该文认为上文研究开发的亚基因组树搜索算法（PhyDS）的系统发育分析没有正确地将F. viridis和F. nipponica鉴定为现存亲戚关系。上文的分析是基于从新组装的八倍体基因组的注释和来自12种二倍体草莓属的31种转录组的注释中汇编的8,405种个体基因树。在每个基因树中，当多个八倍体基因解析为同一个二倍体的姊妹基因时，它们被视为旁系同源基因而被忽略。而上文处理旁系同源物时有11.4％的基因组经历了同源交换，这表明90％的syntelog基因树应正确解析亚基因组祖先。相反，整个基因组中只有约3％的同源物导致PhyDS分配了一个亚基因组，表明他们的旁系同源排除标准过于严格。可能

而该研究结果表明，被PhyDS拒绝的绝大多数数据将F. iinumae解析为三个亚基因组的二倍体祖细胞（上图1b）。因此，该文其中一个亚基因组由F. vesca贡献，三个亚基因组由F. iinumae样祖先贡献，故八倍体草莓的进化应该为1×F. vesca样和3×F. iinumae样亚基因组组成。

此外，原作者Edger等人也在同期Nature Genetics上在线回复了该文的质疑：

然而，美国俄勒冈州立大学的Aaron Liston等人的文章在最后写到，Edger等在他们的答复中建议，通过进行全基因组比对进行系统发育分析。然而，在七个染色体上进行的非常一致的总体结果和2,191个系统发育分析表明，错位正在产生少量随机信号，不会干扰假设的八倍体草莓的实际进化史。因此，该文回应原作者的回应解释。

iPlants:

 综上所述，我们把双方的论文的主要数据列出来，我们初步可以看出，Liston文章通过自己方法分析前期文章的测序数据不能重复前期文章的分析结果，并且还提出了新的草莓进化观点，其原因是数据分析方法的不同。我们希望大家保持科学的态度，客观看待结论矛盾的论文！

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