专利/文献/图片中快速抓取化学结构+分子信息预测居然这么简单！

把有限的时间放在做有意义的事情上，会很幸福，科研工作尤为如此！但为了完成一项科研任务，哪怕是一项很小的工作，往往都会伴随着许多耗时的重复性工作。比如，化学领域“画结构式”这件事情，就会耗费我们大量的工作时间，而且很容易出现错误。但今天，从一个图片式的化学结构，or一个化学名称，瞬间转变为一个可编辑、多重方式输出的可用结构，已成为可能。事半功倍（甚至是几十倍）的同时，还能提升我们的专业技能

快速获得可编辑的化学结构

由于工作的原因，笔者经常需要从专利、文献、甚至是网络中查询、汇总、整理大量的化学结构，而从事化学、医药、生物行业的研究人员深知，单纯的整理出可以进入报告的化学结构，需要拿出一大块时间来处理，且极易出现错误。由于笔者近期关注AI行业较多，偶然发现，这项耗时的工作，竟然可以很快的被相关软件进行处理，并可以快速的拿到可进行编辑的化学结构，这个结构可在Chemdraw/Indraw/Kingdraw等专业化学绘图软件及各类CADD软件中直接使用。下图为软件工作界面及下载链接。该软件所有人均可免费使用。

图1  StoneMIND Collector软件

图片or化学名称，快速转换为可编辑结构

获取化学结构，信息源通常来源于专利、文献、网络等渠道，且大多以图片形式出现。通常我们的做法是，使用结构画图软件如Chemdraw一笔一笔的画出来，简单的结构还好，倘若遇到类似于青蒿素、吗啡那样的结构，没几分钟，绝对完成不了，同时还需要二次校对；而使用StoneMIND Collector软件，可一键完成化学结构抓取，大大减少了不必要的单一性工作。

另一个更贴心的操作是，可以将IUPAC即“标准化学名称”，读取为相应的化学结构。常看专利的小伙伴知道，一篇专利通常可以保护成千上万的化学结构，最具新颖性创造性的化学结构，往往也会有几十个，而最崩溃的就是申请人是以化学名称的形式表达出要保护的结构，这就需要我们逐个单词进行结构呈现，工作量骤增！现下，使用StoneMIND Collector软件，即可以很快的解决这个问题。如，输入“6-fluoro-2-(4-morpholin-4-ylmethyl-phenyl)-quinoline-4-carboxylic acid (2-pyrrolidin-1-yl-ethyl)-amide”，即可以马上呈现出可编辑的化学结构。

综上，通过结构、IUPAC（标准化学名称）两种方式转化为可编辑结构的同时，还可以通过“下载为”输出为sdf格式，通过“复制”输出为mol和smiles格式。sdf格式，可以通过最常用的一些画结构软件（如chemdraw）进行读写；mol格式，可以进行复制，之后在相应软件中进行粘贴编辑；smiles格式，用途就很多很多了，比如在scifinder搜索引擎中进行化学结构转换，分子对接软件中进行对接打分，在PubChem网站中进行分子信息搜索等等。

提升对化学分子结构性质的领悟

上述，是由于工作的原因，发现了StoneMIND Collector这个软件的利好，极大的缩短了因画结构式所带来的时间消耗，而操作过程中竟然还意外发现了一个宝藏功能！

在完成图片抓取后，通过“收藏”选项，可以将结构进行历史保存。重点来了！！！通过打开左侧工具栏的“收藏夹”，会跳转到网页，宝藏出现！！！

通过上面的界面，大家可以一目了然的看到所谓的“宝藏”，即分子信息的预测。且不仅仅局限于上图中的“类药性、可合成性、溶解度、LogP、hERG”，将收藏的结构进一步点击打开，还会有更为详细的分子信息预测。具体如结构性质方面的类药性、可合成性、氢键受体数目、氢键供体数目、极性分子表面积；理化性质方面的溶解度、logP；DMPK性质方面的Caco-2肠渗透性、生物利用度、血浆蛋白结合率、血脑屏蔽穿透率、PGP底物、CYP450抑制；毒性方面的hERG，等等。这些信息的反馈，对于药学领域研究人员来说，极为珍贵！对于结构的理解，帮助极大！

图5 StoneMIND Collector给出的分子结构预测

综上，就是这个软件当前的使用体验，StoneMIND Collector这个软件还推出了多结构识别的试用邀请，由此也可以看到开发者仍在对该软件不断的升级优化。

话不多说，现总结如下：

软件获取方式

以下信息从软件开发者国内AI制药企业望石智慧官方渠道获得。

方式一：请复制下方链接在PC浏览器中打开点击“客户端下载”按钮，选择匹配您电脑的版本，即可下载https://stonewise.cn/mol_product?channel=4 

方式二：打开望石智慧官网www.stonewise.cn  ，点击产品介绍下的StoneMIND Collector，点击“下载客户端”即可下载。

请点击阅读原文或扫描下方二维码留下您的email地址，2021年10月份将上线StoneMIND Mac版，留地址的伙伴们邮箱会Mac版上线第一时间为您开通免费账号可抢先直接使用哦~

1.在Collector客户端点击左侧导航栏图标，即可观看产品使用视频。

2.打开望石智慧官网www.stonewise.cn  ，点击产品介绍下的StoneMIND Collector, 有该产品的详细介绍和使用视频。

3.任何产品使用问题或建议可直接联系Collector微信客服，请扫下方二维码添加微信或工作日9：00-18：00拨打手机号15711471378(微信同号）。

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