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专利/文献/图片中快速抓取化学结构+分子信息预测居然这么简单!

把有限的时间放在做有意义的事情上,会很幸福,科研工作尤为如此!但为了完成一项科研任务,哪怕是一项很小的工作,往往都会伴随着许多耗时的重复性工作。比如,化学领域“画结构式”这件事情,就会耗费我们大量的工作时间,而且很容易出现错误。但今天,从一个图片式的化学结构,or一个化学名称,瞬间转变为一个可编辑、多重方式输出的可用结构,已成为可能。事半功倍(甚至是几十倍)的同时,还能提升我们的专业技能

快速获得可编辑的化学结构

首先要强调的是,获得的是一个可编辑的化学结构!

由于工作的原因,笔者经常需要从专利、文献、甚至是网络中查询、汇总、整理大量的化学结构,而从事化学、医药、生物行业的研究人员深知,单纯的整理出可以进入报告的化学结构,需要拿出一大块时间来处理,且极易出现错误。由于笔者近期关注AI行业较多,偶然发现,这项耗时的工作,竟然可以很快的被相关软件进行处理,并可以快速的拿到可进行编辑的化学结构,这个结构可在Chemdraw/Indraw/Kingdraw等专业化学绘图软件及各类CADD软件中直接使用。下图为软件工作界面及下载链接。该软件所有人均可免费使用。

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图1  StoneMIND Collector软件

图片or化学名称,快速转换为可编辑结构

获取化学结构,信息源通常来源于专利、文献、网络等渠道,且大多以图片形式出现。通常我们的做法是,使用结构画图软件如Chemdraw一笔一笔的画出来,简单的结构还好,倘若遇到类似于青蒿素、吗啡那样的结构,没几分钟,绝对完成不了,同时还需要二次校对;而使用StoneMIND Collector软件,可一键完成化学结构抓取,大大减少了不必要的单一性工作。

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图2 软件截取网页图片中的青蒿素结构


另一个更贴心的操作是,可以将IUPAC即“标准化学名称”,读取为相应的化学结构。常看专利的小伙伴知道,一篇专利通常可以保护成千上万的化学结构,最具新颖性创造性的化学结构,往往也会有几十个,而最崩溃的就是申请人是以化学名称的形式表达出要保护的结构,这就需要我们逐个单词进行结构呈现,工作量骤增!现下,使用StoneMIND Collector软件,即可以很快的解决这个问题。如,输入“6-fluoro-2-(4-morpholin-4-ylmethyl-phenyl)-quinoline-4-carboxylic acid (2-pyrrolidin-1-yl-ethyl)-amide”,即可以马上呈现出可编辑的化学结构。

图3 输入IUPAC转化为可编辑化学结构

综上,通过结构、IUPAC(标准化学名称)两种方式转化为可编辑结构的同时,还可以通过“下载为”输出为sdf格式,通过“复制”输出为mol和smiles格式。sdf格式,可以通过最常用的一些画结构软件(如chemdraw)进行读写;mol格式,可以进行复制,之后在相应软件中进行粘贴编辑;smiles格式,用途就很多很多了,比如在scifinder搜索引擎中进行化学结构转换,分子对接软件中进行对接打分,在PubChem网站中进行分子信息搜索等等。

提升对化学分子结构性质的领悟

上述,是由于工作的原因,发现了StoneMIND Collector这个软件的利好,极大的缩短了因画结构式所带来的时间消耗,而操作过程中竟然还意外发现了一个宝藏功能!

在完成图片抓取后,通过“收藏”选项,可以将结构进行历史保存。重点来了!!!通过打开左侧工具栏的“收藏夹”,会跳转到网页,宝藏出现!!!

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图4 潜在宝藏&分子信息预测


通过上面的界面,大家可以一目了然的看到所谓的“宝藏”,即分子信息的预测。且不仅仅局限于上图中的“类药性、可合成性、溶解度、LogP、hERG”,将收藏的结构进一步点击打开,还会有更为详细的分子信息预测。具体如结构性质方面的类药性、可合成性、氢键受体数目、氢键供体数目、极性分子表面积;理化性质方面的溶解度、logP;DMPK性质方面的Caco-2肠渗透性、生物利用度、血浆蛋白结合率、血脑屏蔽穿透率、PGP底物、CYP450抑制;毒性方面的hERG,等等。这些信息的反馈,对于药学领域研究人员来说,极为珍贵!对于结构的理解,帮助极大!

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图5 StoneMIND Collector给出的分子结构预测


综上,就是这个软件当前的使用体验,StoneMIND Collector这个软件还推出了多结构识别的试用邀请,由此也可以看到开发者仍在对该软件不断的升级优化。

话不多说,现总结如下:

✔ 免费

✔ 安装方便,格式较小,兼容性好

✔ 界面简单友好

✔ 图片结构识别快速

✔ 可进行IUPAC(标准化学名称)识别

✔ 抓取的结构可进行编辑

✔ 可输出sdf/mol/smiles格式文件

✔ 收藏+历史记录

✔ 分子特性预测

✔ 多结构同时抓取

软件获取方式

以下信息从软件开发者国内AI制药企业望石智慧官方渠道获得。


Windows版本用户


方式一:请复制下方链接在PC浏览器中打开点击“客户端下载”按钮,选择匹配您电脑的版本,即可下载https://stonewise.cn/mol_product?channel=4 

方式二:打开望石智慧官网www.stonewise.cn  ,点击产品介绍下的StoneMIND Collector,点击“下载客户端”即可下载。

注意:以上两种方式有部分用户可能会遇到软件包的下载安装操作被自动拦截,这受限于您的电脑安全设置策略,请手动允许其下载和安装,该软件安全无毒,请放心使用。


Mac版用户

请点击阅读原文或扫描下方二维码留下您的email地址,2021年10月份将上线StoneMIND Mac版,留地址的伙伴们邮箱会Mac版上线第一时间为您开通免费账号可抢先直接使用~

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温馨提示


1.在Collector客户端点击左侧导航栏图标,即可观看产品使用视频。

2.打开望石智慧官网www.stonewise.cn  ,点击产品介绍下的StoneMIND Collector, 有该产品的详细介绍和使用视频。

3.任何产品使用问题或建议可直接联系Collector微信客服,请扫下方二维码添加微信或工作日9:00-18:00拨打手机号15711471378(微信同号)。


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