福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）组织是临床上宝贵的病例档案，但甲醛固定导致RNA交联、修饰和降解，提取完整核仍面临挑战。常规的机械匀浆和高温酶解法往往造成核提取效率低、RNA质量差，影响数据可用性与准确性。为此，我们团队开发出一种高效且高保真的细胞核提取方法——低温酶解离（CED）策略，并联合snRandom-seq实现了FFPE组织的高通量单核转录组测序（snCED-seq）。相比传统方法，该方法显著提升了细胞核产率（约10倍），同时避免了RNA的二次降解，并最大程度保留了核内转录本。snCED-seq能够检测到更多基因和UMI，降低了线粒体和核糖体污染，提升了基因检测的灵敏度和表达量的准确性，增强了对低丰度转录本的捕获能力。snCED-seq在阿尔茨海默症模型鼠脑海马中成功鉴定出更多的疾病相关的小胶质、星形胶质和少突胶质亚群细胞，揭示了疾病过程中脑组织的复杂细胞异质性。并在单片50 μm的人类肺组织FFPE切片中识别出主要细胞类型及新型标志基因。总之，snCED-seq为FFPE样本的单核转录组分析提供了高效可靠的解决方案，并且适用于临床归档样本的多组学研究。