担任中国科学院动物研究所 研究员、博士生导师、PI课题组长。近年来，围绕“RNA化学生物学”研究方向，开发小分子降解剂、调节剂和示踪剂，并结合RNA和CRISPR基因编辑等生物技术和工具，开展生命活动调控和追踪等研究，并应用于神经退行性疾病、遗传病等疾病的诊断与治疗。

    主持国家高层次青年人才项目、中科院率先行动引才计划、国家重点研发计划课题、国家自然科学基金国际合作与交流项目、国家自然科学基金面上项目等基金。以通讯作者在Nature Communications、Angewandte Chemie International Edition、Nucleic Acids Research发表文章。担任《中国生物物理学会》RNA治疗学分会委员、《北京生物工程学会》理事、《北京生物工程学会》组学技术专业委员会秘书长等职务。

代表作：

1. Zhang, Z.#; Rong, X.#; Xie, T.; Song, H.; Li, Z.; Zhen, S.; Wu, J.; Jaffrey, S R;.and Li, X.* Fluorogenic CRISPR for genomic DNA imaging Nature Communications (IF=16.6), 2024, 15, 934.

2. Chen, W.#; Zhao, X.#; Yang, N.*; Li, X.*  Single mRNA Imaging with Fluorogenic RNA Aptamers and Small-molecule Fluorophores. Angewandte Chemie International Edition (IF=16.6) 2023. e202209813.

3.  Chen, Z.; Chen, W..; Zhayila, R.; Jiang, H.; Wu, J.; and Li, X.* Genetically encoded RNA-based sensors with Pepper. Nucleic Acids Research (IF=14.9), 2023, 51, 16, 8322–8336

4. Li, X.*; Wu, J.; Jaffrey, S. R.*  Engineering Fluorophore Recycling in a Fluorogenic RNA Aptamer. Angewandte Chemie International Edition (IF=16.6) 2021, 60 (45), 24153-24161.
   

5. Li, X.; Mo, L.; Litke, J. L.; Dey, S. K.; Suter, S. R.; Jaffrey, S. R.*  Imaging Intracellular S-Adenosyl Methionine Dynamics in Live Mammalian Cells with a Genetically Encoded Red Fluorescent RNA-Based Sensor. Journal of the American Chemical Society (IF=15.0) 2020, 142(33), 14117-14124.
   

6. Li, X.; Kim, H.; Litke, J. L.; Wu, J.; Jaffrey, S. R.*  Fluorophore-Promoted RNA Folding and Photostability Enables Imaging of Single Broccoli-Tagged mRNAs in Live Mammalian Cells. Angewandte Chemie International Edition(IF=16.6) 2020, 59 (11), 4511-4518.