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有时候有一些蛋白是对称单元组成的,如铁蛋白,但是晶体结构pdb坐标只有一部分,另外一部分写在信息里,我们如果想看全部或者需要全部的pdb坐标,可以使用如下方法实现:
该功能需要PyMOL 1.8以上
设置对称单元,如下:
set assembly, ""
fetch 3bw1, asu, async=0
set assembly, 1
fetch 3bw1, assembly1, async=0
set grid_mode
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氢键情况等 http://www.protein.osaka-u.ac.jp/rcsfp/supracryst/suzuki/jpxtal/Katsutani/en/index.php