参考：

1. Hong-ming Ding, Yue-wen Yin, Song-di Ni, Yan-jing Sheng, Yu-qiang Ma; Accurate Evaluation on the Interactions of SARS-CoV-2 with Its Receptor ACE2 and Antibodies CR3022/CB6*; Chinese Phys. Lett. 38(1):018701, 2021; 10.1088/0256-307X/38/1/018701

2. gmx_mmpbsa脚本更新：屏蔽效应与熵贡献 来自李继存 https://jerkwin.github.io/2021/03/16/gmx_mmpbsa脚本更新-屏蔽效应与熵贡献/

使用gmx_mmpbsa脚本处理（李继存开发）

1 下载gmx_mmpbsa脚本程序：https://jerkwin.github.io/gmxtool/

2 下载ABPS， 建议下载编译后的程序：https://github.com/Electrostatics/apbs/releases  （源代码在https://github.com/Electrostatics/apbs）

3.为APBS设置环境变量（参考 https://apbs.readthedocs.io/en/latest/getting/index.html#installing-from-pre-compiled-binaries）

   export LD_LIBRARY_PATH=$HOME/apbs/lib:${LD_LIBRARY_PATH} 

   export PATH=$HOME/apbs/bin:${PATH}

note：1.安装gawk, 使用apt-get install 或者conda install gawk

           2.修改gmx_mmpbsa.bsh脚本文件中

apbs='/home/geng/Program/APBS/APBS-3.0.0.Linux/bin/apbs'       # APBS(Linux)

#apbs='E:/APBS1.5/apbs.exe'                                                                # APBS(Windows), USE "/", NOT "\"

             3. 安装gromacs

运行脚本，例如：

export LD_LIBRARY_PATH=/home/geng/Program/APBS/APBS-3.0.0.Linux/lib:${LD_LIBRARY_PATH}

export PATH=/home/geng/Program/APBS/APBS-3.0.0.Linux/bin:${PATH}

source /home/Xiaodong/Program/GROMACS-gpu/bin/GMXRC   #与plumed 连用版本的gromacs，如没有安装plumed，只需source gromacs

source /home/Xiaodong/Program/plumed-2.7.0/sourceme.sh

export OMP_NUM_THREADS=20  #设置运行核数

bash gmx_mmpbsa.bsh -f traj.xtc -s topol.tpr -n index.ndx -com Complex -pro Protein -lig Ligand -cou dh -ts ie

4. 运行 （德拜-休克尔屏蔽方法计算MM(COU): 计算MM(COU)时使用考虑离子强度, 使用德拜特征长度对静电作用进行指数衰减. 这样处理后, 所得MM(COU)贡献就变小）