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Hybrid capture-based genomic profiling of circulating tumor DNA from patients with advanced non-small cell lung cancer
Journal of Thoracic Oncology ( IF 20.4 ) Pub Date : 2019-02-01 , DOI: 10.1016/j.jtho.2018.10.008 Alexa B. Schrock , Allison Welsh , Jon H. Chung , Dean Pavlick , Eric H. Bernicker , Benjamin C. Creelan , Brady Forcier , Jeffrey S. Ross , Philip J. Stephens , Siraj M. Ali , Ibiayi Dagogo-Jack , Alice T. Shaw , Tianhong Li , Sai-Hong Ignatius Ou , Vincent A. Miller
Journal of Thoracic Oncology ( IF 20.4 ) Pub Date : 2019-02-01 , DOI: 10.1016/j.jtho.2018.10.008 Alexa B. Schrock , Allison Welsh , Jon H. Chung , Dean Pavlick , Eric H. Bernicker , Benjamin C. Creelan , Brady Forcier , Jeffrey S. Ross , Philip J. Stephens , Siraj M. Ali , Ibiayi Dagogo-Jack , Alice T. Shaw , Tianhong Li , Sai-Hong Ignatius Ou , Vincent A. Miller
Introduction: Genomic profiling informs selection of matched targeted therapies as part of routine clinical care in NSCLC. Tissue biopsy is the criterion standard; however, genomic profiling of blood‐derived circulating tumor DNA (ctDNA) has emerged as a minimally invasive alternative. Methods: Hybrid capture–based genomic profiling of 62 genes was performed on blood‐based ctDNA from 1552 patients with NSCLC. Results: Evidence of ctDNA was detected in 80% of samples, and in 86% of these cases, at least one reportable genomic alteration (GA) was detected. Frequently altered genes were tumor protein p53 gene (TP53) (59%), EGFR (25%), and KRAS (17%). Comparative analysis with a tissue genomic database (N = 21,500) showed similar frequencies of GAs per gene, although KRAS mutation and EGFR T790M were more frequent in tissue and ctDNA, respectively (both p < 0.0001), likely reflecting the use of liquid versus tissue biopsy after relapse during targeted therapy. In temporally matched ctDNA and tissue samples from 33 patients with evidence of ctDNA in their blood, 64% of GAs detected in tissue were also detected in ctDNA, including 78% of short variants (58 of 74) and 100% of rearrangements (four of four), but only 16% of amplifications (four of 25). Conclusions: Genomic profiling of ctDNA detected clinically relevant GAs in a significant subset of NSCLC cases. Most alterations detected in matched tissue were also detected in ctDNA. These results suggest the utility of ctDNA testing in advanced NSCLC as a complementary approach to tissue testing. Blood‐based ctDNA testing may be particularly useful at the time of progression during targeted therapy.
中文翻译:
基于混合捕获的晚期非小细胞肺癌患者循环肿瘤 DNA 的基因组分析
简介:基因组分析为选择匹配的靶向治疗提供信息,作为 NSCLC 常规临床护理的一部分。组织活检是标准;然而,血液来源的循环肿瘤 DNA (ctDNA) 的基因组分析已成为一种微创替代方法。方法:对 1552 名 NSCLC 患者的基于血液的 ctDNA 进行了 62 个基因的基于杂交捕获的基因组分析。结果:在 80% 的样本中检测到 ctDNA 的证据,并且在这些案例中的 86% 中,至少检测到一种可报告的基因组改变 (GA)。经常改变的基因是肿瘤蛋白 p53 基因 (TP53) (59%)、EGFR (25%) 和 KRAS (17%)。与组织基因组数据库(N = 21,500)的比较分析显示每个基因的 GAs 频率相似,尽管 KRAS 突变和 EGFR T790M 在组织和 ctDNA 中更常见,分别(均 p < 0.0001),可能反映了靶向治疗期间复发后使用液体活检与组织活检。在来自 33 名血液中有 ctDNA 证据的患者的时间匹配 ctDNA 和组织样本中,在 ctDNA 中也检测到 64% 的组织中检测到的 GA,包括 78% 的短变异(74 个中的 58 个)和 100% 的重排(4 个四个),但只有 16% 的扩增(25 个中的四个)。结论:ctDNA 的基因组分析在重要的 NSCLC 病例子集中检测到临床相关的 GA。在匹配组织中检测到的大多数改变也在 ctDNA 中检测到。这些结果表明 ctDNA 检测在晚期 NSCLC 中作为组织检测的补充方法的实用性。在靶向治疗期间出现进展时,基于血液的 ctDNA 检测可能特别有用。可能反映在靶向治疗期间复发后使用液体活检与组织活检。在来自 33 名血液中有 ctDNA 证据的患者的时间匹配的 ctDNA 和组织样本中,在 ctDNA 中也检测到 64% 的组织中检测到的 GA,包括 78% 的短变异(74 个中的 58 个)和 100% 的重排(4 个四个),但只有 16% 的扩增(25 个中的四个)。结论:ctDNA 的基因组分析在重要的 NSCLC 病例子集中检测到临床相关的 GA。在匹配组织中检测到的大多数改变也在 ctDNA 中检测到。这些结果表明 ctDNA 检测在晚期 NSCLC 中作为组织检测的补充方法的实用性。在靶向治疗期间出现进展时,基于血液的 ctDNA 检测可能特别有用。可能反映在靶向治疗期间复发后使用液体活检与组织活检。在来自 33 名血液中有 ctDNA 证据的患者的时间匹配 ctDNA 和组织样本中,在 ctDNA 中也检测到 64% 的组织中检测到的 GA,包括 78% 的短变异(74 个中的 58 个)和 100% 的重排(4 个四个),但只有 16% 的扩增(25 个中的四个)。结论:ctDNA 的基因组分析在重要的 NSCLC 病例子集中检测到临床相关的 GA。在匹配组织中检测到的大多数改变也在 ctDNA 中检测到。这些结果表明 ctDNA 检测在晚期 NSCLC 中作为组织检测的补充方法的实用性。在靶向治疗期间出现进展时,基于血液的 ctDNA 检测可能特别有用。
更新日期:2019-02-01
中文翻译:
基于混合捕获的晚期非小细胞肺癌患者循环肿瘤 DNA 的基因组分析
简介:基因组分析为选择匹配的靶向治疗提供信息,作为 NSCLC 常规临床护理的一部分。组织活检是标准;然而,血液来源的循环肿瘤 DNA (ctDNA) 的基因组分析已成为一种微创替代方法。方法:对 1552 名 NSCLC 患者的基于血液的 ctDNA 进行了 62 个基因的基于杂交捕获的基因组分析。结果:在 80% 的样本中检测到 ctDNA 的证据,并且在这些案例中的 86% 中,至少检测到一种可报告的基因组改变 (GA)。经常改变的基因是肿瘤蛋白 p53 基因 (TP53) (59%)、EGFR (25%) 和 KRAS (17%)。与组织基因组数据库(N = 21,500)的比较分析显示每个基因的 GAs 频率相似,尽管 KRAS 突变和 EGFR T790M 在组织和 ctDNA 中更常见,分别(均 p < 0.0001),可能反映了靶向治疗期间复发后使用液体活检与组织活检。在来自 33 名血液中有 ctDNA 证据的患者的时间匹配 ctDNA 和组织样本中,在 ctDNA 中也检测到 64% 的组织中检测到的 GA,包括 78% 的短变异(74 个中的 58 个)和 100% 的重排(4 个四个),但只有 16% 的扩增(25 个中的四个)。结论:ctDNA 的基因组分析在重要的 NSCLC 病例子集中检测到临床相关的 GA。在匹配组织中检测到的大多数改变也在 ctDNA 中检测到。这些结果表明 ctDNA 检测在晚期 NSCLC 中作为组织检测的补充方法的实用性。在靶向治疗期间出现进展时,基于血液的 ctDNA 检测可能特别有用。可能反映在靶向治疗期间复发后使用液体活检与组织活检。在来自 33 名血液中有 ctDNA 证据的患者的时间匹配的 ctDNA 和组织样本中,在 ctDNA 中也检测到 64% 的组织中检测到的 GA,包括 78% 的短变异(74 个中的 58 个)和 100% 的重排(4 个四个),但只有 16% 的扩增(25 个中的四个)。结论:ctDNA 的基因组分析在重要的 NSCLC 病例子集中检测到临床相关的 GA。在匹配组织中检测到的大多数改变也在 ctDNA 中检测到。这些结果表明 ctDNA 检测在晚期 NSCLC 中作为组织检测的补充方法的实用性。在靶向治疗期间出现进展时,基于血液的 ctDNA 检测可能特别有用。可能反映在靶向治疗期间复发后使用液体活检与组织活检。在来自 33 名血液中有 ctDNA 证据的患者的时间匹配 ctDNA 和组织样本中,在 ctDNA 中也检测到 64% 的组织中检测到的 GA,包括 78% 的短变异(74 个中的 58 个)和 100% 的重排(4 个四个),但只有 16% 的扩增(25 个中的四个)。结论:ctDNA 的基因组分析在重要的 NSCLC 病例子集中检测到临床相关的 GA。在匹配组织中检测到的大多数改变也在 ctDNA 中检测到。这些结果表明 ctDNA 检测在晚期 NSCLC 中作为组织检测的补充方法的实用性。在靶向治疗期间出现进展时,基于血液的 ctDNA 检测可能特别有用。