The structural flexibility of RNA underlies fundamental biological processes, but there are no methods for exploring the multiple conformations adopted by RNAs in vivo. We developed cross-linking of matched RNAs and deep sequencing (COMRADES) for in-depth RNA conformation capture, and a pipeline for the retrieval of RNA structural ensembles. Using COMRADES, we determined the architecture of the Zika virus RNA genome inside cells, and identified multiple site-specific interactions with human noncoding RNAs.

中文翻译：

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COMRADES 确定体内 RNA 结构和相互作用

RNA 的结构灵活性是基本生物学过程的基础，但没有方法可以探索体内 RNA 采用的多种构象。我们开发了匹配 RNA 的交联和深度测序 (COMRADES)，用于深入的 RNA 构象捕获，以及用于检索 RNA 结构集合的管道。使用 COMRADES，我们确定了细胞内寨卡病毒 RNA 基因组的结构，并确定了与人类非编码 RNA 的多个位点特异性相互作用。