Background There are few large studies of transmitted drug resistance (TDR) prevalence and the drug resistance mutations (DRMs) responsible for TDR in the United States. Methods Human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) reverse transcriptase (RT) and protease sequences were obtained from 4253 antiretroviral therapy (ART)-naive individuals in a California clinic population from 2003 to 2016. Phylogenetic analyses were performed to study linkages between TDR strains and selection pressure on TDR-associated DRMs. Results From 2003 to 2016, there was a significant increase in overall (odds ratio [OR], 1.05 per year [95% confidence interval {CI}, 1.03-1.08]; P < .001) and nonnucleoside RT inhibitor (NNRTI)-associated TDR (OR, 1.11 per year [95% CI, 1.08-1.15]; P < .001). Between 2012 and 2016, TDR rates to any drug class ranged from 15.7% to 19.2%, and class-specific rates ranged from 10.0% to 12.8% for NNRTIs, 4.1% to 8.1% for nucleoside RT inhibitors (NRTIs), and 3.6% to 5.2% for protease inhibitors. The thymidine analogue mutations, M184V/I and the tenofovir-associated DRMs K65R and K70E/Q/G/N/T accounted for 82.9%, 7.3%, and 1.4% of NRTI-associated TDR, respectively. Thirty-seven percent of TDR strains clustered with other TDR strains sharing the same DRMs. Conclusions Although TDR has increased significantly in this large cohort, many TDR strains are unlikely to influence the activity of currently preferred first-line ART regimens. The high proportion of DRMs associated with infrequently used regimens combined with the clustering of TDR strains suggest that some TDR strains are being transmitted between ART-naive individuals.

中文翻译：

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美国大量临床人群中传播的人类免疫缺陷病毒 1 型耐药性的分子流行病学和遗传机制的趋势。

背景 很少有关于美国传播耐药性 (TDR) 流行率和导致 TDR 的耐药性突变 (DRM) 的大型研究。方法 1 型人类免疫缺陷病毒 (HIV-1) 逆转录酶 (RT) 和蛋白酶序列来自 2003 年至 2016 年加利福尼亚诊所人群中 4253 名未接受抗逆转录病毒治疗 (ART) 的个体。进行系统发育分析以研究 TDR 之间的联系TDR 相关 DRM 的菌株和选择压力。结果 从 2003 年到 2016 年，总体（优势比 [OR]，每年 1.05 [95% 置信区间 {CI}，1.03-1.08]；P < .001）和非核苷 RT 抑制剂 (NNRTI)-相关的 TDR（OR，每年 1.11 [95% CI，1.08-1.15]；P < .001）。2012 年至 2016 年期间，任何药物类别的 TDR 比率为 15。7% 至 19.2%，NNRTIs 的类别特异性比率为 10.0% 至 12.8%，核苷 RT 抑制剂 (NRTIs) 为 4.1% 至 8.1%，蛋白酶抑制剂为 3.6% 至 5.2%。胸苷类似物突变 M184V/I 和与替诺福韦相关的 DRM K65R 和 K70E/Q/G/N/T 分别占 NRTI 相关 TDR 的 82.9%、7.3% 和 1.4%。37% 的 TDR 菌株与共享相同 DRM 的其他 TDR 菌株聚集在一起。结论 尽管在这个大型队列中 TDR 显着增加，但许多 TDR 菌株不太可能影响当前首选的一线 ART 方案的活性。与不常使用的方案相关的高比例 DRM 以及 TDR 菌株的聚集表明一些 TDR 菌株正在接受 ART 的个体之间传播。NNRTIs 为 0% 至 12.8%，核苷 RT 抑制剂 (NRTIs) 为 4.1% 至 8.1%，蛋白酶抑制剂为 3.6% 至 5.2%。胸苷类似物突变 M184V/I 和与替诺福韦相关的 DRM K65R 和 K70E/Q/G/N/T 分别占 NRTI 相关 TDR 的 82.9%、7.3% 和 1.4%。37% 的 TDR 菌株与共享相同 DRM 的其他 TDR 菌株聚集在一起。结论 尽管在这个大型队列中 TDR 显着增加，但许多 TDR 菌株不太可能影响当前首选的一线 ART 方案的活性。与不常使用的方案相关的高比例 DRM 以及 TDR 菌株的聚集表明一些 TDR 菌株正在接受 ART 的个体之间传播。NNRTIs 为 0% 至 12.8%，核苷 RT 抑制剂 (NRTIs) 为 4.1% 至 8.1%，蛋白酶抑制剂为 3.6% 至 5.2%。胸苷类似物突变 M184V/I 和与替诺福韦相关的 DRM K65R 和 K70E/Q/G/N/T 分别占 NRTI 相关 TDR 的 82.9%、7.3% 和 1.4%。37% 的 TDR 菌株与共享相同 DRM 的其他 TDR 菌株聚集在一起。结论 尽管在这个大型队列中 TDR 显着增加，但许多 TDR 菌株不太可能影响当前首选的一线 ART 方案的活性。与不常使用的方案相关的高比例 DRM 以及 TDR 菌株的聚集表明一些 TDR 菌株正在接受 ART 的个体之间传播。蛋白酶抑制剂为 2%。胸苷类似物突变 M184V/I 和与替诺福韦相关的 DRM K65R 和 K70E/Q/G/N/T 分别占 NRTI 相关 TDR 的 82.9%、7.3% 和 1.4%。37% 的 TDR 菌株与共享相同 DRM 的其他 TDR 菌株聚集在一起。结论 尽管在这个大型队列中 TDR 显着增加，但许多 TDR 菌株不太可能影响当前首选的一线 ART 方案的活性。与不常使用的方案相关的高比例 DRM 以及 TDR 菌株的聚集表明一些 TDR 菌株正在接受 ART 的个体之间传播。蛋白酶抑制剂为 2%。胸苷类似物突变 M184V/I 和与替诺福韦相关的 DRM K65R 和 K70E/Q/G/N/T 分别占 NRTI 相关 TDR 的 82.9%、7.3% 和 1.4%。37% 的 TDR 菌株与共享相同 DRM 的其他 TDR 菌株聚集在一起。结论 虽然 TDR 在这个大型队列中显着增加，但许多 TDR 菌株不太可能影响当前首选的一线 ART 方案的活性。与不常使用的方案相关的高比例 DRM 以及 TDR 菌株的聚集表明一些 TDR 菌株正在接受 ART 的个体之间传播。37% 的 TDR 菌株与共享相同 DRM 的其他 TDR 菌株聚集在一起。结论 虽然 TDR 在这个大型队列中显着增加，但许多 TDR 菌株不太可能影响当前首选的一线 ART 方案的活性。与不常使用的方案相关的高比例 DRM 以及 TDR 菌株的聚集表明一些 TDR 菌株正在接受 ART 的个体之间传播。37% 的 TDR 菌株与共享相同 DRM 的其他 TDR 菌株聚集在一起。结论 尽管在这个大型队列中 TDR 显着增加，但许多 TDR 菌株不太可能影响当前首选的一线 ART 方案的活性。与不常使用的方案相关的高比例 DRM 以及 TDR 菌株的聚集表明一些 TDR 菌株正在接受 ART 的个体之间传播。