Epigenetics has become a fundamental scientific discipline with various implications for biology and medicine. Epigenetic marks, mostly DNA methylation and histone post-translational modifications (PTMs), play important roles in chromatin structure and function. Accurate quantification of these marks is an ongoing challenge due to the variety of modifications and their wide dynamic range of abundance. Here we present EpiProfile 2.0, an extended version of our 2015 software (v1.0), for accurate quantification of histone peptides based on liquid chromatography–tandem mass spectrometry (LC–MS/MS) analysis. EpiProfile 2.0 is now optimized for data-independent acquisition through the use of precursor and fragment extracted ion chromatography to accurately determine the chromatographic profile and to discriminate isobaric forms of peptides. The software uses an intelligent retention time prediction trained on the analyzed samples to enable accurate peak detection. EpiProfile 2.0 supports label-free and isotopic labeling, different organisms, known sequence mutations in diseases, different derivatization strategies, and unusual PTMs (such as acyl-derived modifications). In summary, EpiProfile 2.0 is a universal and accurate platform for the quantification of histone marks via LC–MS/MS. Being the first software of its kind, we anticipate that EpiProfile 2.0 will play a fundamental role in epigenetic studies relevant to biology and translational medicine. EpiProfile is freely available at https://github.com/zfyuan/EpiProfile2.0_Family.

中文翻译：

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EpiProfile 2.0：用于处理表观蛋白质组学质谱数据的计算平台

表观遗传学已经成为一门基础科学学科，对生物学和医学产生了各种影响。表观遗传标记，主要是DNA甲基化和组蛋白翻译后修饰（PTM），在染色质结构和功能中起重要作用。由于修饰的多样性和丰富的动态范围，对这些标记的准确定量是一个持续的挑战。在这里，我们展示了EpiProfile 2.0，它是2015年软件（v1.0）的扩展版本，用于基于液相色谱-串联质谱（LC-MS / MS）分析的组蛋白多肽的准确定量。EpiProfile 2.0现在通过使用前体和片段提取离子色谱法来准确地确定色谱图谱并区分肽的同量异构形式，从而针对数据独立采集进行了优化。该软件使用对所分析样品进行训练的智能保留时间预测，以实现准确的峰检测。EpiProfile 2.0支持无标记和同位素标记，不同的生物体，疾病中已知的序列突变，不同的衍生化策略以及不寻常的PTM（例如酰基衍生的修饰）。总而言之，EpiProfile 2.0是通过LC-MS / MS定量组蛋白标记的通用且准确的平台。作为同类软件中的第一个，我们期望EpiProfile 2.0将在与生物学和转化医学相关的表观遗传学研究中发挥重要作用。EpiProfile可从https://github.com/zfyuan/EpiProfile2.0_Family免费获得。0支持无标记和同位素标记，不同的生物体，疾病中已知的序列突变，不同的衍生化策略以及不寻常的PTM（例如酰基衍生的修饰）。总而言之，EpiProfile 2.0是通过LC-MS / MS定量组蛋白标记的通用且准确的平台。作为同类软件中的第一个，我们期望EpiProfile 2.0将在与生物学和转化医学相关的表观遗传学研究中发挥重要作用。EpiProfile可从https://github.com/zfyuan/EpiProfile2.0_Family免费获得。0支持无标记和同位素标记，不同的生物体，疾病中已知的序列突变，不同的衍生化策略以及不寻常的PTM（例如酰基衍生的修饰）。总而言之，EpiProfile 2.0是通过LC-MS / MS定量组蛋白标记的通用且准确的平台。作为同类软件中的第一个，我们期望EpiProfile 2.0将在与生物学和转化医学相关的表观遗传学研究中发挥重要作用。EpiProfile可从https://github.com/zfyuan/EpiProfile2.0_Family免费获得。作为同类软件中的第一个，我们期望EpiProfile 2.0将在与生物学和转化医学相关的表观遗传学研究中发挥重要作用。EpiProfile可从https://github.com/zfyuan/EpiProfile2.0_Family免费获得。作为同类软件中的第一个，我们预计EpiProfile 2.0将在与生物学和转化医学相关的表观遗传学研究中发挥重要作用。EpiProfile可从https://github.com/zfyuan/EpiProfile2.0_Family免费获得。