Chemokine receptors (CRs) have long been druggable targets for the treatment of inflammatory diseases and HIV-1 infection. As a powerful technique, virtual screening (VS) has been widely applied to identifying small molecule leads for modern drug targets including CRs. For rational selection of a wide variety of VS approaches, ligand enrichment assessment based on a benchmarking data set has become an indispensable practice. However, the lack of versatile benchmarking sets for the whole CRs family that are able to unbiasedly evaluate every single approach including both structure- and ligand-based VS somewhat hinders modern drug discovery efforts. To address this issue, we constructed Maximal Unbiased Benchmarking Data sets for human Chemokine Receptors (MUBD-hCRs) using our recently developed tools of MUBD-DecoyMaker. The MUBD-hCRs encompasses 13 subtypes out of 20 chemokine receptors, composed of 404 ligands and 15756 decoys so far and is readily expandable in the future. It had been thoroughly validated that MUBD-hCRs ligands are chemically diverse while its decoys are maximal unbiased in terms of “artificial enrichment”, “analogue bias”. In addition, we studied the performance of MUBD-hCRs, in particular CXCR4 and CCR5 data sets, in ligand enrichment assessments of both structure- and ligand-based VS approaches in comparison with other benchmarking data sets available in the public domain and demonstrated that MUBD-hCRs is very capable of designating the optimal VS approach. MUBD-hCRs is a unique and maximal unbiased benchmarking set that covers major CRs subtypes so far.

中文翻译：

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人趋化因子受体的最大无偏基准数据集和比较分析

趋化因子受体（CRs）长期以来一直是治疗炎症性疾病和HIV-1感染的药物靶标。作为一项强大的技术，虚拟筛选（VS）已广泛应用于识别包括CRs在内的现代药物靶标的小分子先导。对于各种VS方法的合理选择，基于基准数据集的配体富集评估已成为必不可少的实践。但是，缺乏适用于整个CR系列的通用基准测试集，这些基准测试集无法公正地评估包括基于结构和配体的VS在内的每种方法，这在一定程度上阻碍了现代药物开发的努力。为了解决这个问题，我们使用最近开发的MUBD-DecoyMaker工具构建了人类趋化因子受体（MUBD-hCR）的最大无偏基准数据集。MUBD-hCRs包含20种趋化因子受体中的13种亚型，到目前为止，它由404个配体和15756个诱饵组成，并且将来很容易扩展。完全验证了MUBD-hCRs配体在化学上是多样的，而其诱饵在“人工富集”，“模拟偏向”方面具有最大的无偏性。此外，与公共领域的其他基准数据相比，我们在基于结构和基于配体的VS方法的配体富集评估中研究了MUBD-hCR的性能，特别是CXCR4和CCR5数据集，并证明了MUBD -hCR非常有能力指定最佳的VS方法。MUBD-hCR是唯一且最大的无偏基准测试集，涵盖了迄今为止的主要CR亚型。到目前为止，它由404个配体和15756个诱饵组成，并且将来很容易扩展。完全验证了MUBD-hCRs配体在化学上是多样的，而其诱饵在“人工富集”，“模拟偏向”方面具有最大的无偏性。此外，与公共领域的其他基准数据相比，我们在基于结构和基于配体的VS方法的配体富集评估中研究了MUBD-hCR的性能，特别是CXCR4和CCR5数据集，并证明了MUBD -hCR非常有能力指定最佳的VS方法。MUBD-hCR是唯一且最大的无偏基准测试集，涵盖了迄今为止的主要CR亚型。到目前为止，它由404个配体和15756个诱饵组成，并且将来很容易扩展。完全验证了MUBD-hCRs配体在化学上是多样的，而其诱饵在“人工富集”，“模拟偏向”方面具有最大的无偏性。此外，与公共领域的其他基准数据相比，我们在基于结构和基于配体的VS方法的配体富集评估中研究了MUBD-hCR的性能，特别是CXCR4和CCR5数据集，并证明了MUBD -hCR非常有能力指定最佳的VS方法。MUBD-hCR是唯一且最大的无偏基准测试集，涵盖了迄今为止的主要CR亚型。完全验证了MUBD-hCRs配体在化学上是多样的，而其诱饵在“人工富集”，“模拟偏向”方面具有最大的无偏性。此外，与公共领域的其他基准数据相比，我们在基于结构和基于配体的VS方法的配体富集评估中研究了MUBD-hCR的性能，特别是CXCR4和CCR5数据集，并证明了MUBD -hCR非常有能力指定最佳的VS方法。MUBD-hCR是唯一且最大的无偏基准测试集，涵盖了迄今为止的主要CR亚型。完全验证了MUBD-hCRs配体在化学上是多样的，而其诱饵在“人工富集”，“模拟偏向”方面具有最大的无偏性。此外，与公共领域的其他基准数据相比，我们在基于结构和基于配体的VS方法的配体富集评估中研究了MUBD-hCR的性能，特别是CXCR4和CCR5数据集，并证明了MUBD -hCR非常有能力指定最佳的VS方法。MUBD-hCR是唯一且最大的无偏基准测试集，涵盖了迄今为止的主要CR亚型。与基于结构的和基于配体的VS方法的配体富集评估相比，在公共领域中可获得的其他基准数据集进行了比较，并证明MUBD-hCR非常有能力指定最佳的VS方法。MUBD-hCR是唯一且最大的无偏基准测试集，涵盖了迄今为止的主要CR亚型。与基于结构的和基于配体的VS方法的配体富集评估相比，在公共领域中可获得的其他基准数据集进行了比较，并证明MUBD-hCR非常有能力指定最佳的VS方法。MUBD-hCR是唯一且最大的无偏基准测试集，涵盖了迄今为止的主要CR亚型。