Erms are proteins that methylate the adenine (A2058) in Escherichia coli 23S rRNA, which results in resistance to macrolide, lincosamide, and streptogramin B antibiotics. In a previous report, ErmN appeared to be more susceptible to contaminating proteases in DNase I. To determine the underlying mechanism, cleavage with chymotrypsin over time was investigated. ErmN possesses unusually high-susceptibility recognition site (F45) as evidenced by a band (band 1) that represented greater than 80% of the total band intensity at 30 s. The exposure rate of the hydrophobic core was more than 67-fold and 104-fold faster in ErmN than those in ErmS and ErmE, respectively. After cleavage at F45, some of the hydrophobic interactions were disrupted. Further digestion of band 1 occurred through the exposed F163 with a half-life of 3.18 min. After 30 min, less than 1% of ErmN remained. On the basis of the structure of ErmC′, the location of F45 was presumed to be in an α helix at the bottom of a cavity. Both substitution of most common amino acids such as isoleucine, valine, or leucine with phenylalanine (ErmH, ErmI, ErmN, and ErmZ out of the 37 known Erms) and the apparent added flexibility, which could result from the additional loop region attached to phenylalanine that is four to nine amino acids longer (ErmI, ErmN, and ErmZ, which form one cluster in the phylogenetic tree), could cause unusually high susceptibility. The unexpectedly high susceptibility among the homologous proteins could indicate that caution should be taken not to misinterpret the observations when conducting any procedure in which protease or protease contamination is involved.

中文翻译：

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Erm蛋白自然变化产生的识别位点导致对胰凝乳蛋白酶的异常高敏感性

胚芽是使大肠杆菌中的腺嘌呤（A2058）甲基化的蛋白质23S rRNA，可导致对大环内酯类，林可酰胺和链霉菌素B抗生素的耐药性。在以前的报告中，ErmN似乎更易受到DNase I中污染的蛋白酶的影响。为确定潜在的机制，研究了胰凝乳蛋白酶随时间的裂解。ErmN具有异常高的磁化率识别位点（F45），这在30 s时代表一个波段（波段1），该波段占总波段强度的80％以上。与ErmS和ErmE相比，ErmN中疏水核的暴露速率分别快67倍和104倍以上。在F45处裂解后，一些疏水相互作用被破坏。带子1的进一步消化通过暴露的F163发生，半衰期为3.18分钟。30分钟后，剩下不到1％的ErmN。根据ErmC'的结构，推测F45的位置位于腔体底部的α螺旋中。用苯丙氨酸（37种已知的Erms中的ErmH，ErmI，ErmN和ErmZ）取代最常见的氨基酸（如异亮氨酸，缬氨酸或亮氨酸），以及明显增加的柔韧性，这可能是由于与苯丙氨酸相连的附加环区造成的它长了四到九个氨基酸（在系统发育树中形成一个簇的ErmI，ErmN和ErmZ），可能会导致异常高的敏感性。同源蛋白之间出乎意料的高敏感性可能表明，在进行涉及蛋白酶或蛋白酶污染的任何程序时，应谨慎行事，不要误解观察结果。用苯丙氨酸（37种已知的Erms中的ErmH，ErmI，ErmN和ErmZ）取代最常见的氨基酸（如异亮氨酸，缬氨酸或亮氨酸），以及明显增加的柔韧性，这可能是由于与苯丙氨酸相连的附加环区造成的它长了四到九个氨基酸（在系统发育树中形成一个簇的ErmI，ErmN和ErmZ），可能会导致异常高的敏感性。同源蛋白之间出乎意料的高敏感性可能表明，在进行涉及蛋白酶或蛋白酶污染的任何程序时，应谨慎行事，不要误解观察结果。苯丙氨酸（37种已知的Erms中的ErmH，ErmI，ErmN和ErmZ）取代了最常见的氨基酸（如异亮氨酸，缬氨酸或亮氨酸），并且明显增加了柔韧性，这可能是由于与苯丙氨酸相连的附加环区导致的它长了四到九个氨基酸（在系统发育树中形成一个簇的ErmI，ErmN和ErmZ），可能会导致异常高的敏感性。同源蛋白之间出乎意料的高敏感性可能表明，在进行涉及蛋白酶或蛋白酶污染的任何程序时，应谨慎行事，不要误解观察结果。这可能是由于与苯丙氨酸相连的附加环区域长了4至9个氨基酸（ErmI，ErmN和ErmZ，它们在系统发育树中形成一个簇）所致，可能会导致异常高的敏感性。同源蛋白之间出乎意料的高敏感性可能表明，在进行涉及蛋白酶或蛋白酶污染的任何程序时，应谨慎行事，不要误解观察结果。这可能是由于与苯丙氨酸连接的环长度增加了4至9个氨基酸（ErmI，ErmN和ErmZ，在系统发育树中形成一个簇）所致，可能会导致异常高的敏感性。同源蛋白之间出乎意料的高敏感性可能表明，在进行涉及蛋白酶或蛋白酶污染的任何程序时，应谨慎行事，不要误解观察结果。