iNature:以前,大白师兄告诉我,看蛋白的定位,浏览A网页;看蛋白的相互作用,赶快浏览B网页;共表达图谱,使用C网页;基因的SNP,去参考D网页......以致太多的网页,连自己都记不住。这一次ePlant软件平台,整合了各种各样的生物信息,在一个网页就可以解决所有的东西,例外还有意想不到的收获。ePlant软件平台包括蛋白相互作用,蛋白定位,转录因子结合DNA,蛋白结构预测,基因表达模式(不同基因的表达模式相互比较),基因的SNP等方面,想要的东西应有尽有 , 网页链接 (http://bar.utoronto.ca/eplant),欢迎大家访问。
近期,Provart课题组开发了ePlant软件平台,集合了各种各样的生物学信息,主要是针对Arabidopsis thaliana,比以前单一的使用其他网页更便捷,操作页面更简单。现在长话短说,直接进行实战演练。
我这里就以ROS1(DNA去甲基化酶为例子),给大家讲解怎么使用ePlant软件。首先进入平台,输入http://bar.utoronto.ca/eplant,获得如下界面(图.1)
图.1 ePlant初始界面
然后再左边的界面输入ROS1或者是基因号AT2G36490,来查看ROS1的基本信息,点击基因信息浏览界面(图.2),这个界面包括ROS1的基本信息,如ROS1的描述,gDNA序列,蛋白质序列,功能总结。
图.2 基因信息浏览界面
再看ROS1的出版文章,可以点击Publication viewer界面,这里包括了ROS1所有的文章,另外还有对于ROS1功能的高度总结(图.3)。
图.3 ROS1的文章介绍以及功能总结
之后看一下ROS1的heat map,这不仅可以看一个基因的heat map,还可以比较同一个pathway里面的蛋白的heat map,由于前期报道,IDM1,IDM2,IDM3,MBD7,HDP1,HDP2处于同一个通路,共同调节ROS1的去甲基化过程(图.4),这里包括组织定位,stress处理以及细胞定位的分析。
图.4 ROS1途径中的一些成分的heat map
另外还能找到具有相似的heat map的基因,为研究基因的功能提供了更好的平台(图.5)。
图.5 同ROS1相似heat map的基因
下一步看一下ROS1在不同组织里面的表达模式(图.6),很清晰,ROS1在大部分组织里面都可以表达。
图.6 ROS1组织表达模式
同时,在Plant eFP浏览页中,也可以看ROS1相对于另一个基因的表达,如IDM1(图.7),可以看出这俩个基因的相对表达量,这位更好的研究其基因功能,提供了一种可能。
图.7 ROS1相对于IDM1表达
再者,可以看一下特殊组织中,ROS1的表达情况,如胚胎发育过程中ROS1的表达,根组织的ROS1表达等方面(图.8)。
图.8 特殊组织中ROS1的表达模式
在看一下ROS1的亚细胞定位,在这里,给出了定位的评分系统,评分越高,就越可能定位到哪里,很明显,ROS1主要定位在细胞核,这恰好同它的功能吻合,即在细胞核里起DNA去甲基化的作用;另外可以下载高清晰度的定位图谱,为后续的图片加工提供了可能(图.9)。
图.9 ROS1亚细胞定位
紧接着,看ROS1的染色体定位,在这里,最重要的可以看一下同其他基因定位的共同比较,为后面的遗传实验做更好的准备,同时可以查看附近的基因(图.10)。
图.10 ROS1染色体定位及周边基因比较
由于ROS1现在报道的相互作用蛋白计较少,又没有报道过可以直接去结合DNA。我这里以IDM1为例子,在左边显示了IDM1可以同DNA相互作用的模式图,右边是IDM1同一些蛋白的相互作用,如IDM2(图.11)。
图.11 IDM1作用蛋白及DNA
现在可以看一下Pfam对于ROS1结构的预测,有一定的参考意义,同时这里还显示了ROS1在不同生态型的SNP,这对于研究其功能有非常重要的作用(图.12)。
图.11 ROS1结构预测及SNP位点
对于做遗传学的人来说,突变体显得相当的重要,这里注释了ROS1的T-DNA 插入突变体,很容易知道突变体插入的位置;另外,这里还整合了可变剪接体,1001Genomes项目,染色质修饰特征等项目,感兴趣的可以自己点开(图.12)。
图.12 ROS1序列特征
最后,这里还提供了外部的友情链接,哪里不懂,就点哪里(图.13)
图.13 外部链接
总的来说,ePlant是集合了以前及最新一些成果的整合,使研究者花更少的时间找到最多自己想要的东西,这一次,再也不需要存储那么多网页了,一次性就能全部搞定,而且还能得到意外的收获。小伙伴们,还等什么呢,赶快去用用看吧。
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