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研之成理第七届单晶结构解析与晶体数据库信息利用讲习班 (8月22日 - 25日)



背景介绍

单晶结构解析是表征物质结构最直观,也是最有效的手段之一。通过单晶结构解析可获得化合物的原子三维坐标以及键合排列堆积信息,能很好地揭示材料深层的结构与性能之间的关系,从而有助于获得重要的学术研究成果,发表高水平的学术论文。目前许多研究工作者,尤其是从事药物合成,药物晶型,MOF, COF,金属纳米团簇,钙钛矿,有机金属催化等功能材料设计合成,光电磁新型晶态化合物等研究领域的,对晶体结构解析有重要需求。特别是对一些非常规条件测试下,微小晶体,空间群需要变换而难以确定、复杂超大结构、无序、孪晶、手性绝对构型,矿物置换无序,高对称性空间群赝对称性处理等较难解析的晶体结构束手无策。


为了帮助有单晶结构解析需求的科研工作者系统全面的学习单晶结构解析相关知识和解决科研实践中碰到的具体问题,开设单晶结构解析与晶体可视化讲习班。




培训内容介绍
本次培训将在介绍单晶解析理论基础上,应用目前最新的图形界面化(GUI)程序 Olex2 为平台,加载包括最新PLATON2021、 Shelxl2018、supperFlip、Sir2019 等单晶结构解析程序解析单晶结构。运用最通用和经典的 Direct Methods,Patterson Method 两种算法以外,还包括最新发展的 Charge Flipping,Intrinsic Phasing,Structure Expansion 和 Dual Space 算法,展示最新算法在解析结构方面的优势。并进一步提供同步辐射测试数据以及不同衍射仪原始图片数据还原的处理方法

介绍最新基于 olex2 最新插件包括 drawplus,reportplus 等的使用逐步实现晶体的解析各种晶体学信息的提取及自动生成发表文章所需要的各种表格及数据。


提供实例讲解解析晶体结构的完整过程如何处理晶体无序、孪晶?如何利用 WinGX、Platon、Sir 等程序辅助确定空间群、寻找栾晶矩阵、去除无法确定的溶剂衍射贡献等,以及如何进一步精修,利用 Encifer 完善 CIF 文件信息编辑,获得尽可能消除 A、B 类警告的 checkcif 报告,申请 CCDC 编号等满足文章发表的要求。 最后讲解 diamond, XP, Mercurry 绘制晶体相关作图,包括晶胞图、画 ORTEP 图、堆积图,氢键堆积,简单的拓扑分析等等,结合晶体学数据库包括 CCDC、ICSD、Crystallography Open Database、Springer Materials,Materials Project的检索使用,对 CIF 结构信息进行有效的提取、分析与利用,晶体学各种数据格式之间的相互转化。

通过基于晶体结构模型搭建练习,通过feff为包括EXAFS等同步辐射结构拟合,准备inp等输入文件,进行EXAFS结构拟合分析

并对常见数据进行解析拟合,以及结合晶体数据库对材料结构模型进行有效搭建

通过本次培训,可以让学员掌握晶体结构解析技术,处理一些常见的晶体结构解析问题,满足日常的晶体结构解析需要,学会绘制晶体图,检索晶体数据库,对晶体结构信息进行有效利用与提取,发表高水平的学术论文。



培训课程安排
Part 01:X 射线晶体学基本原理及软件安装
课程1:X 射线晶体学及 Olex2, Shelx2018 入门基本介绍
● 单晶 X 射线晶体学原理简单介绍
● Olex2, Shelxl2018, platon 介绍与安装
● XPREP, ShelXS, ShelXL, ShelXT, ShelXD, superflip 算法集

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课程2 :Shelx2018、Olex2 常用命令与输入出输出文件介绍
● Shelx2018、Olex2 常用命令,输入、输出文件介绍
●  不同仪器上衍射数据格式及处理,标准 hkl 文件的生成

课程3:最终发表晶体学文件 CIF 标准格式介绍
● CIF 文件标准格式以及里面条目详细解读
● 根据衍射实验准备标准输入文件 p4p
● 使用 XPREP 程序进行预处理产生标准输入 ins 文件
● Shelx2018、Olex2 解析一个晶体结构的通用流程
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Part 02:实例解析有机分子有机金属配合物,金属团簇, MOF, 多肽寡聚物等

课程4:晶体结构解析全过程以及 cif 检查报告,晶体学表达与作图
● cata bondconf 等常见 ins 命令产生文件的命令
● 集成不同算法对解析同一个结构的比较
● 晶体数据表晶体学表达与 XP 作图, 检查报告
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课程5:位置无序以及限定组合使用,数据处理提高晶体数据指标
● 限定策略,变量设置 ISOR DELU DFIX SIMU SADI 等应用
● 断尾效应处理截断高角度操作,提高信噪比,系统消光规律校正,权重因子引入及调整
● 使用重原子法搭初步结构模型应用
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课程6 platon 晶体学空间群检查
● 使用低对称性解析晶体结构,再升级到正确空间群操作 supperflip 解析

课程7:无序溶剂分子处理
● 溶剂分子处理,找全溶剂,无序溶剂处理,配合 platon squeeze 操作
● Olex2 solvent mask 使用  abin 运用
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课程8:处理各种 H 原子问题
● 各种加氢代码 HFIX  加 H 代码应用与介绍 23 43 137
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课程9:手性分子绝对构型确定
● 手性分子绝对构型翻转
● Move Inv –f 命令等应用
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课程10 栾晶处理晶胞矩阵变换
● XPREP 晶胞变换
● 栾晶以及栾晶矩阵 twin basf 命令应用
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课程11 共同占有置换无序处理
● split 劈裂自由变量组与限定 sump命令应用
● EADP EXYZ命令使用

课程12 高对称性及复杂分子结构模型搭建技巧
● 多个软件联合使用锁定缩小可能空间群 对于空间群非常多的情况
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课程13 晶体数据库检索与使用,晶体结构可视化作图

Part 03:答疑与联系讨论欢迎报名学员带着单晶解析实例和困惑来和讲师讨论。

其他部分实例展示:无机矿物解析策略:
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多组分无机钙钛矿解析策略分析:
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supperflip 解析实例:
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基于晶体结构准备inp等输入文件,进行EXAFS结构拟合分析

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涉及学科和研究领域
化学、材料、物理学科中凡与晶体结构有关的研究领域



培训专家介绍
张江威:张江威博士(ResearcherID:B-2008-2012),内蒙古大学能源材料化学研究院研究员,入选内蒙古自治区“草原英才”工程高层次人才,内蒙古大学高层次人才“骏马计划”,独立PI,博士生导师, 博士毕业于清华大学化学系,担任东北地区X-射线专业委员会委员, 中国水利电力医学科学技术学会创新医药与医用材料分会理事会理事,中国化学会高级会员,中国晶体学会终身会员,中国物理学会终身会员,Interdisciplinary Materials(交叉学科材料) Academic Editor, Nano Research, Nano Research Energy, Polyoxometalates, Rare Metals青年编委。主要从事物质科学与多学科交叉,能源催化过程物质结构精准探测,X射线激光与超快谱学包括XRD、XAS、PDF探测技术原位技术方法与仪器开发。围绕“先进表征技术与能源催化材料设计、制备学科交叉”材料领域共性关键科学问题,发展大科学装置探测方法学包括PDF/XES/XAS等耦合ATR-SEIRAS/Raman/fs-TA等形成原位多谱学精准物质结构探测新方法与仪器开发,获得能源催化过程包括DPH,光、电催化CO2RR/OER/ORR/HER/NRR服役状态下材料结构与电子态、小分子中间物种演变规律的多尺度“全息”精准构效关系与反应机制,结合数学建模理论计算建立大数据库预测材料物性,加速高性能新材料筛选迭代研发,取得多项创新性高水平科研成果。在Nat. Catal.; Nat. energy; Chem; J. Am. Chem. Soc.; Adv. Mater.; Energ. Environ. Sci.; Angew. Chem. Int. Ed.; Nat. Commun.等期刊发表论文150余篇,H-index=35, i10-index=91; 出版国内首部基于olex2晶体结构解析与可视化专著1部。
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具体参见
化学会高级会员主页:
https://www.chemsoc.org.cn/member/senior/44107.html 



培训时间/地点
培训时间: 2023 年 08 月 22 日 - 2023 年 08 月 25 日
培训地点:线上直播



培训须知
1、自备笔记本电脑(含鼠标),Windows操作系统(Mac电脑请提前安装双系统),普通配置即可。
2、培训课程为期 4 天(每晚 7:00 - 10:00),培训前三天会统一发送课程相关软件和相关资料。
● 缴费与发票:
培训费:3950/人。
提供电子发票,发票名目「会议费」。提供盖章会议通知函(扫描版)。
(发票名目如果需要开成非会议费名目,请联系。)
● 缴费方式:(缴费前请联系工作人员)
方式一:银行转账方式二:支付宝(支持公务卡转账);方式三:微信支付
注意:转账时请务必备注「单晶 + 姓名 + 单位」
2、优惠政策:
前十名报名成功者:优惠 500 元。
注意:缴费完成或者支付500元押金视为报名成功



报名咨询
课程咨询、报名请扫描下方二维码,咨询工作人员:
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● 往期培训回顾
培训现场与剪影
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