Our objectives were to characterise the microbiota in cystic fibrosis (CF) bronchoalveolar lavage fluid (BALF), and determine its relationship to inflammation and disease status. BALF from paediatric and adult CF patients and paediatric disease controls undergoing clinically indicated bronchoscopy was analysed for total bacterial load and for microbiota by 16S rDNA sequencing. We examined 191 BALF samples (146 CF and 45 disease controls) from 13 CF centres. In CF patients aged <2 years, nontraditional taxa (e.g. Streptococcus, Prevotella and Veillonella) constituted ∼50% of the microbiota, whereas in CF patients aged ≥6 years, traditional CF taxa (e.g. Pseudomonas, Staphylococcus and Stenotrophomonas) predominated. Sequencing detected a dominant taxon not traditionally associated with CF (e.g. Streptococcus or Prevotella) in 20% of CF BALF and identified bacteria in 24% of culture-negative BALF. Microbial diversity and relative abundance of Streptococcus, Prevotella and Veillonella were inversely associated with airway inflammation. Microbiota communities were distinct in CF compared with disease controls, but did not differ based on pulmonary exacerbation status in CF. The CF microbiota detected in BALF differs with age. In CF patients aged <2 years, Streptococcus predominates, whereas classic CF pathogens predominate in most older children and adults. Bacterial taxa detected in cystic fibrosis bronchoalveolar lavage fluid differ by age and inflammatory response http://ow.ly/2uV230eFA0W

中文翻译：

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囊性纤维化中跨年龄和疾病谱的气道微生物群

我们的目标是表征囊性纤维化 (CF) 支气管肺泡灌洗液 (BALF) 中的微生物群，并确定其与炎症和疾病状态的关系。通过 16S rDNA 测序分析了来自接受临床指征支气管镜检查的儿科和成人 CF 患者以及儿科疾病对照的 BALF 的总细菌负荷和微生物群。我们检查了来自 13 个 CF 中心的 191 个 BALF 样本（146 个 CF 和 45 个疾病对照）。在<2岁的CF患者中，非传统分类群（例如链球菌、普氏菌和韦永氏菌）占微生物群的约50%，而在≥6岁的CF患者中，传统的CF分类群（例如假单胞菌、葡萄球菌和狭养单胞菌）占主导地位。测序检测到传统上与 CF 无关的优势分类群（例如 链球菌或普氏菌）在 20% 的 CF BALF 中，并在 24% 的培养阴性 BALF 中鉴定出细菌。链球菌、普氏菌和韦永氏菌的微生物多样性和相对丰度与气道炎症呈负相关。与疾病对照相比，CF 中的微生物群落是不同的，但根据 CF 的肺部恶化状态没有差异。在 BALF 中检测到的 CF 微生物群因年龄而异。在 <2 岁的 CF 患者中，链球菌占优势，而在大多数年龄较大的儿童和成人中，典型的 CF 病原体占优势。在囊性纤维化支气管肺泡灌洗液中检测到的细菌分类群因年龄和炎症反应而异 http://ow.ly/2uV230eFA0W Prevotella 和 Veillonella 与气道炎症呈负相关。与疾病对照相比，CF 中的微生物群落是不同的，但根据 CF 的肺部恶化状态没有差异。在 BALF 中检测到的 CF 微生物群因年龄而异。在 <2 岁的 CF 患者中，链球菌占优势，而在大多数年龄较大的儿童和成人中，典型的 CF 病原体占优势。在囊性纤维化支气管肺泡灌洗液中检测到的细菌分类群因年龄和炎症反应而异 http://ow.ly/2uV230eFA0W Prevotella 和 Veillonella 与气道炎症呈负相关。与疾病对照相比，CF 中的微生物群落是不同的，但根据 CF 的肺部恶化状态没有差异。在 BALF 中检测到的 CF 微生物群因年龄而异。在 <2 岁的 CF 患者中，链球菌占优势，而在大多数年龄较大的儿童和成人中，典型的 CF 病原体占优势。在囊性纤维化支气管肺泡灌洗液中检测到的细菌分类群因年龄和炎症反应而异 http://ow.ly/2uV230eFA0W 而经典 CF 病原体在大多数年龄较大的儿童和成人中占主导地位。在囊性纤维化支气管肺泡灌洗液中检测到的细菌分类群因年龄和炎症反应而异 http://ow.ly/2uV230eFA0W 而经典 CF 病原体在大多数年龄较大的儿童和成人中占主导地位。在囊性纤维化支气管肺泡灌洗液中检测到的细菌分类群因年龄和炎症反应而异 http://ow.ly/2uV230eFA0W