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2017-01-23 10:02
分析蛋白质三级结构的技术手段有哪些?
在生物化学中,蛋白质三级结构是指蛋白质整体几何形状,是一条多肽链在二级或超二级结构甚至结构域上进一步盘绕,折叠,依靠次级键的维系固定所形成的特定空间结构。请问分析蛋白质三级结构的技术手段有哪些?它们各有什么特点?
在生物化学中,蛋白质三级结构是指蛋白质整体几何形状,是一条多肽链在二级或超二级结构甚至结构域上进一步盘绕,折叠,依靠次级键的维系固定所形成的特定空间结构。请问分析蛋白质三级结构的技术手段有哪些?它们各有什么特点?
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匿名用户   回答了这个问题

测定蛋白质三维结构的方法主要有X射线晶体衍射分析,电镜三维重构技术以及核磁共振技术。 一、X射线晶体衍射分析(X-ray Crystallography)主要包括以下几个步骤: 1. 晶体培养。结构测定的精度依赖于晶体所能达到的衍射分辨率,所以获得具有强衍射能力的晶体是蛋白质晶体结构测定分析的关键步骤,是蛋白质晶体结构分析的瓶颈。 2. 数据收集和处理。一般来讲,中等大小晶胞的一套高分辨率数据,至少要收集几万个衍射强度数据,在经过专门的数据处理程序包处理,给出这一套数据的各种统计结果,以判断数据质量的好坏。 3. 测定相位。用 X 射线衍射方法测定晶体结构,其核心问题是解决每个衍射点的相位问题。对小分子可以利用 Patterson 函数计算出晶胞中原子的位置,但是大分子不可能利用这种方法,只能利用其他方法如同晶置换法才能确定相位。 4. 相位的改进。电子密度图的质量及其后的可解释性主要决定于相角的准确性。在某些情况下采用晶胞不对称单元中等同部分的电子密度平均,有可能大大改善误差较大的起始相角。 5. 电子密度图的计算和解释。有了每个衍射点的相位,加上已经收集到的每个衍射点的结构振幅,就可计算电子密度图。由于蛋白质分子结构的复杂性,它的电子密度图随着分辨率的不同,从图上能识别出的结构层次也不同。 6. 结构模型修正。从电子密度图上最初建立的蛋白质分子结构模型是比较粗糙的,需要进一步精华。 二、核磁共振主要步骤如下: 先准备样品,浓缩蛋白质的水溶液(0.21-1mM),如果测1H谱需用D代试剂,将样品置于外加磁场中,测量共振频率,计算机通过频率得出每一对原子核的偶合常数和NOE值,计算对应的原子间距离。最后构建模型。 三、三维电镜方法的主要原理是中心截面定理: 二维投影(电镜照片)的傅立叶变换=物体的三维傅立叶变换的一个中央截面 X 射线晶体衍射分析就是用于测定晶体的结构,核磁共振除了测定分子结构之外还有很多方面的应用。例如研究脂的多型性,离子浓度测定(如细胞内 Na+的测定),活体中磷代谢的研究,核磁成像(恒定磁场加梯度磁场)等。三维电镜方法主要分为三种手段:电子晶体学,单颗粒技术和电子断层成像技术。在电镜下观察生物大分子时,观察的对象是三维结构,电镜图像是这些三维结构的二维投影。三维电镜技术不需要结晶,没有相位问题,最新发展的冷冻制样技术使样品更好的保持在生理状态,且没有分子量限制,甚至细胞也可以进行三维重构。
测定蛋白质三维结构的方法主要有X射线晶体衍射分析,电镜三维重构技术以及核磁共振技术。一、X射线晶体衍射分析(X-ray Crystallography)主要包括以下几个步骤:1. 晶体培养。结构测定的精度依赖于晶体所能达到的衍射分辨率,所以获得具有强衍射能力的晶体是蛋白质晶体结构测定分析的关键步骤,是蛋白质晶体结构分析...显示全部
2017-01-15 10:38
对末端双键的修饰改造!?
目前想对一个天然产物的末端双键进行结构修饰改造,
目前想对一个天然产物的末端双键进行结构修饰改造,
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匿名用户   回答了这个问题

改造的目标产物结构是什么样的呢?
改造的目标产物结构是什么样的呢?
2017-01-07 22:55
全合成的目标分子是怎么选择的?
想了解全合成的课题组怎么选择目标化合物的
想了解全合成的课题组怎么选择目标化合物的
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匿名用户   回答了这个问题

这个要看需求了,最需要人工合成的重要天然化合物无疑是好的目标,当然能不能成功就看各自的功夫了
这个要看需求了,最需要人工合成的重要天然化合物无疑是好的目标,当然能不能成功就看各自的功夫了
2017-01-07 10:58
请问如何将香草醛的羟基转化成硫醇基?具体方法有哪些?
香草醛是为白色或浅黄色晶体,具有浓烈的香气。存在于甜菜、香草豆、安息香胶、秘鲁香脂、妥卢香脂等中。是一种广泛使用的可食用香料。请问如何把香草醛的羟基转化成硫醇基?有没有好的办法?
香草醛是为白色或浅黄色晶体,具有浓烈的香气。存在于甜菜、香草豆、安息香胶、秘鲁香脂、妥卢香脂等中。是一种广泛使用的可食用香料。请问如何把香草醛的羟基转化成硫醇基?有没有好的办法?
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2016-12-19 15:55
天然产物的结构解析主要方法有哪些?
如今,人们对环境、食物、医药、日常用品等要求越来越高。所以无危害成分的纯天然产物的研究受到了广大研究者的关注与重视。那么,在研究过程中,天然产物的结构解析主要有哪些技术手段?它们各有什么作用与不同呢?
如今,人们对环境、食物、医药、日常用品等要求越来越高。所以无危害成分的纯天然产物的研究受到了广大研究者的关注与重视。那么,在研究过程中,天然产物的结构解析主要有哪些技术手段?它们各有什么作用与不同呢?
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奇点   回答了这个问题

结构解析虽说掌握了核磁和质谱就差不多了,但是还要有综合思维 对于天然产物来讲,谱图不会有合成产物那么干净清晰,有时候氢谱甚至碳谱都会因为信号过于密集无法分辨,这时候就需要二维核磁共振谱图 还有一些,对于特定类型的化合物,比如糖苷类,就得了解一些苷化位移、Tocsy、甲基化、衍生化等手段来综合解析结构 解谱挺有意思的,有点像破案,每种测试手段只能提供一部分线索,综合考虑所有信息才能知道结构
结构解析虽说掌握了核磁和质谱就差不多了,但是还要有综合思维对于天然产物来讲,谱图不会有合成产物那么干净清晰,有时候氢谱甚至碳谱都会因为信号过于密集无法分辨,这时候就需要二维核磁共振谱图还有一些,对于特定类型的化合物,比如糖苷类,就得了解一些苷化位移、Tocsy、甲基化、衍生化等手段来综合解析结构解谱挺有意思的,有点像破...显示全部
2016-12-15 20:30
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普天同庆 中国海洋大学   回答了这个问题

一个羟基先和对甲苯磺酰咪唑发生反应,踢走咪唑,形成OTS,另一个羟基再踢走易离去基团OTs,这样就形成了环氧。
一个羟基先和对甲苯磺酰咪唑发生反应,踢走咪唑,形成OTS,另一个羟基再踢走易离去基团OTs,这样就形成了环氧。
2016-12-14 08:49
关于八区率定立体构型?
大家好,我的化合物是环己烯酮,可以应用八区率定构型,但是八区率我真的试着认真学习了,但是好像掌握不到精髓,不知怎么搭建模型,可以帮帮我吗,过来人给一些经验
大家好,我的化合物是环己烯酮,可以应用八区率定构型,但是八区率我真的试着认真学习了,但是好像掌握不到精髓,不知怎么搭建模型,可以帮帮我吗,过来人给一些经验
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2016-12-11 15:22
Total Synthesis of (‡)-Pyrenolide D?的机理?
Angew. Chem. Int. Ed. 2001, 40 (6), 1128-1130 求解答一下这个反应过程
Angew. Chem. Int. Ed. 2001, 40 (6), 1128-1130求解答一下这个反应过程
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匿名用户   回答了这个问题

不考虑立体选择性,高价碘(Ⅲ)试剂的氧化缩环烯糖为四氢呋喃环的过程供参考。
不考虑立体选择性,高价碘(Ⅲ)试剂的氧化缩环烯糖为四氢呋喃环的过程供参考。
2016-12-11 10:37
求环氧还原成双键的方法?
我最近在分离甙元的时候,由于酸度控制不好,导致甙元发生了烯烃异构化,导师让我把烯烃进行环氧化后分离再进行环氧还原成双键的反应(直接还原成双键,不经过双羟化),我找了一下相关反应,找到了sharpless的,但是反应很复杂,在小木虫上有一个人说用PPh3,但是我没有找到PPh3应该加几个当量。。。
我最近在分离甙元的时候,由于酸度控制不好,导致甙元发生了烯烃异构化,导师让我把烯烃进行环氧化后分离再进行环氧还原成双键的反应(直接还原成双键,不经过双羟化),我找了一下相关反应,找到了sharpless的,但是反应很复杂,在小木虫上有一个人说用PPh3,但是我没有找到PPh3应该加几个当量。。。
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普天同庆 中国海洋大学   回答了这个问题

恩,这是一个很有意思的反应,就是利用了磷很亲氧的性质,这种反应的机理就是三苯基膦先打开环氧产生氧负,自身成为膦正,接着氧负和膦正形成氧膦键,四元环过渡态复分解产生双键和三苯氧磷。所以加1当量,或者稍微多加点到1.2当量就可以了,太多了杂质不好除呢。
恩,这是一个很有意思的反应,就是利用了磷很亲氧的性质,这种反应的机理就是三苯基膦先打开环氧产生氧负,自身成为膦正,接着氧负和膦正形成氧膦键,四元环过渡态复分解产生双键和三苯氧磷。所以加1当量,或者稍微多加点到1.2当量就可以了,太多了杂质不好除呢。
2016-12-08 09:14
chemdraw往苯环中填充颜色?添加渐变式的图片?
怎么用chemdraw画图时,给环状结构真充各种颜色,就像下面的图中那样。谢谢 请教一下有机的大牛们
怎么用chemdraw画图时,给环状结构真充各种颜色,就像下面的图中那样。谢谢 请教一下有机的大牛们
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匿名用户   回答了这个问题

也想知道单纯用chem draw怎么填充,网上有结合PS的教程http://www.cappchem.com/Article2014/1116.html
也想知道单纯用chem draw怎么填充,网上有结合PS的教程http://www.cappchem.com/Article2014/1116.html。
2016-12-08 00:19
腈类化合物的烷基化?
有没有做过的,可否帮忙推荐几篇文献,表示搜不到……
有没有做过的,可否帮忙推荐几篇文献,表示搜不到……
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普天同庆 中国海洋大学   回答了这个问题

您指的是腈类化合物阿尔法位的烷基化还是对于腈类化合物中腈碳原子的烷基化形成亚胺呢? 后者就用烷基格氏试剂进攻就行,有文献报道。 前者好像没有直接的文献报道,可以用烷基化好的卤代烷和氰化钠或者氢化钾制备,或者用取代的酰胺再脱水制备腈类化合物,从而间接达到在阿尔法位的烷基化效果。 欢迎讨论。
您指的是腈类化合物阿尔法位的烷基化还是对于腈类化合物中腈碳原子的烷基化形成亚胺呢?后者就用烷基格氏试剂进攻就行,有文献报道。前者好像没有直接的文献报道,可以用烷基化好的卤代烷和氰化钠或者氢化钾制备,或者用取代的酰胺再脱水制备腈类化合物,从而间接达到在阿尔法位的烷基化效果。欢迎讨论。
2016-12-07 21:17
哌嗪在反应中如何实现单个N反应?
如题,需要哌嗪和卤代烷的单取代,但是实验中存在着如果哌嗪量少会出现双取代且不容易分离,如果是哌嗪量多,又不容易除去(产物和哌嗪一样极易溶于水和有机溶剂),搜索资料,发现有人做单取代的盐酸盐,想问问如何做?
如题,需要哌嗪和卤代烷的单取代,但是实验中存在着如果哌嗪量少会出现双取代且不容易分离,如果是哌嗪量多,又不容易除去(产物和哌嗪一样极易溶于水和有机溶剂),搜索资料,发现有人做单取代的盐酸盐,想问问如何做?
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普天同庆 中国海洋大学   回答了这个问题

ACS Combinatorial Science, 14(1), 44-50; 2012 General/Typical Procedure: General Procedure A: Synthesis of 1-benzylpiperazines Anhydrous piperazine (6.0 equiv.) was suspended in THF (0.45 M benzyl halide). The mixture was heated to reflux until piperazine fully dissolved. Upon dissolution, the substituted benzyl halide (1.0 equiv.) was added to the reaction mixture. A white solid immediately formed. The reaction mixture was stirred at reflux for 2.5 hours. The mixture was cooled to room temperature. The solid was filtered and washed with THF and EtOAc. The combined filtrates were concentrated to 10% of the original volume. The concentrate was poured into a separatory funnel with 5% brine/H2O made basic (pH > 12) with KOH. The aqueous layer was extracted with DCM and EtOAc. The organic layers were combined, dried over Na2SO4, and concentrated. The crude product was purified by silica gel column chromatography to yield pure 1-benzylpiperazine 这有一篇相关的参考文献,不知道对您有没有启示,哌嗪过量,四氢呋喃中回流,冷却后滤去固体,滤液适量浓缩后调pH值,再萃取。旋干过柱的。
ACS Combinatorial Science, 14(1), 44-50; 2012General/Typical Procedure: General Procedure A: Synthesis of 1-benzylpiperazines Anhydrous piperazine (6.0 equiv.) ...显示全部
2016-12-02 14:57
硼烷能否还原酯成伯醇?
硼烷还原羧酸衍生物的能力,以及还原能力大小比较如何?详细的机理是什么样子的?谢谢
硼烷还原羧酸衍生物的能力,以及还原能力大小比较如何?详细的机理是什么样子的?谢谢
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普天同庆 中国海洋大学   回答了这个问题

硼烷(常用的乙硼烷)可以还原普通的酯,但内酯和芳香酯基本不反应。 还原顺序一般是羧酸大于醛酮大于酯大于酰氯。 机理就是亲电的硼和羰基氧结合,然后硼上的负氢去还原羧酸衍生物。邢大本上羧酸的还原一节有机理。 以下是两篇参考文献,请参考。欢迎讨论。
硼烷(常用的乙硼烷)可以还原普通的酯,但内酯和芳香酯基本不反应。还原顺序一般是羧酸大于醛酮大于酯大于酰氯。机理就是亲电的硼和羰基氧结合,然后硼上的负氢去还原羧酸衍生物。邢大本上羧酸的还原一节有机理。以下是两篇参考文献,请参考。欢迎讨论。
2016-11-27 09:24
二级胺的分离?
请问:一般直链较长的二级胺该如何分离,因为总会伴有未反应的直链醛,并且两者极性接近!
请问:一般直链较长的二级胺该如何分离,因为总会伴有未反应的直链醛,并且两者极性接近!
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普天同庆 中国海洋大学   回答了这个问题

前几天好像有个类似的问题,如果产物对酸不敏感,就可以加入稀盐酸、稀醋酸或者柠檬酸去洗,这样就形成盐进入水相了。
前几天好像有个类似的问题,如果产物对酸不敏感,就可以加入稀盐酸、稀醋酸或者柠檬酸去洗,这样就形成盐进入水相了。
2016-11-24 21:28
下面图示的反应机理是什么?
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saczlw   回答了这个问题

楼上正解,如下图所示
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